Университетская набережная проходит по южному берегу Васильевского острова, соединяет стрелку Васильевского острова с набережной Лейтенанта Шмидта. Набережная ограничена двумя мостами - Благовещенским (первым постоянным мостом в Санкт-Петербурге) и Дворцовым (последним построенным до революции 1917 года).
Застройка Университетской набережной начала формироваться одной из первых в городе. Это связано прежде всего с планами Петра I устройства здесь административного центра Санкт-Петербурга. Именно на этом берегу Невы в 1710 году было начато строительство первого каменного здания в Санкт-Петербурге - дворца Меншикова. В первой половине XVIII века здесь также были построены дворец Прасковьи Фёдоровны (жены брата Петра I, на участке дома №1), деревянное здание церкви Воскресения Христова с высокой колокольней (на участке дома №13, разобрано в 1730-х годах), здания Кунсткамеры и Двенадцати Коллегий, дом архитектора Д. А. Трезини (№21). Остальные участки вниз по течению Невы были заняты рядовой жилой застройкой.
Первоначально береговая линия укреплялась только перед отдельными зданиями. Особенно заметной была богатая пристань перед Меншиковским дворцом.
В 1727 году от набережной через Неву бомбардир-лейтенантом Ф. Пальчиковым впервые был перекинут наплавной мост. До той поры мосты через Неву в Петербурге не строили, так как их противником был сам Пётр I. Он считал, что все петербуржцы должны прекрасно владеть морским делом, плавать и управлять лодками. После смерти Петра в 1725 году преград для наведения наплавных переправ не стало (постоянных тогда строить не умели). С 1733 года мост, названный Исаакиевским, стали возводить регулярно, причём до 1754 года проезд по нему был платным. Вероятно, его местоположение обуславливалось желанием князя Меншикова иметь такую переправу прямо у своего дворца.
Первое известное название магистрали - Наличная линия - встречается с 1741 года. Так называли участок берега Большой Невы от здания Двенадцати коллегий до Кадетской линии. Начальный участок современной Университетской набережной на некоторых планах второй половины XVIII века назывался Академической улицей. В середине XVIII века весь берег от здания Двенадцати коллегий до 22-й линии назывался Набережной линией. Позже встречался топоним Большая набережная, Набережная перспектива.
К середине XVIII столетия здесь не было даже деревянной набережной, из-за чего берег напротив Кунсткамеры постоянно размывался водой. В 1746 году Академия наук обращалась в Канцелярию от строений:
Несмотря на это обращение берег долге время укреплялся лишь подсыпкой щебёнки и вбиванием редкий свай. В 1762 году был издан указ о строительстве набережной Васильевского острова, однако её постройка постоянно откладывалось. Только после строительства здания Академии художеств в 1790-х годах береговая линия была расширена и укреплена деревянными стенками от стрелки Васильевского острова до 7-й линии.
Во второй половине XVIII века построены здания Академии художеств и Академии наук.
В 1770-1801 годах набережная называлась Кадетской (по Кадетскому корпусу, размещавшимся во дворце Меншикова). Затем магистраль называли лишь набережной Большой Невы.
С зимы 1805 до 1810 года начальную часть набережной облицовывали гранитом. Эти работы входили в план обустройства восточной оконечности Васильевского острова. Проект был разработан архитектором Тома де Томоном, осуществлялся инженером И. К. Герардом и мастерами-каменотёсами во главе с С. К. Сухановым. В результате набережная была одета в гранит от стрелки Васильевского острова до устоев наплавного Исаакиевского моста.
В 1819-1821 годах по проекту А. Бетанкура и В. фон Треттера реконструировался Исаакиевский мост. Он был расширен, помимо проезжей части здесь появились тротуары и освещение. Для удобного въезда на мост на набережных были сооружены каменные устои и спуски к воде.
Работы по обустройству Университетской набережной продолжились в 1830 году, когда был утверждён проект её капитальной перестройки. Проект инженера Е. А. Адама предусматривал продление гранитной стенки до здания Академии художеств. На этом участке у Румянцевской площади была создана грузовая пристань с пологим спуском к Неве и низкой причальной стенкой. Площадка перед пристанью была замощена булыжным камнем, гранитный тротуар оградили металлической решёткой.
Напротив здания Кунсткамеры построили лестницу с пристанью, пологий спуск к реке - у здания Двенадцати коллегий. Перед Академией художеств планировалось возвести такую же лестницу, как напротив Кунсткамеры. Однако против этого выступил архитектор К. А. Тон, посчитавший, что здесь требуется "пристань гораздо величественнее и приличнее". Тон разработал проект пристани, которую планировалось украсить скульптурами коней работы П. К. Клодта. Однако работы по отливке бронзовых статуй тогда превысили возможности сметы на строительство. Когда в Санкт-Петербург привезли египетских сфинксов, их решили поставить именно здесь. Египетские статуи были установлены летом 1834 года. Бронзовые светильники и грифоны, установленные на пристани, были изготовлены по моделям П. П. Годе. Скульптуры коней Клодта впоследствии были установлены на Аничковом мосту.
Для нужд Санкт-Петербургского университета А. Ф. Щедриным в 1840-1842 годах был построен "ректорский дом" (дом №9). После введения в строй Благовещенского моста в 1850 году гранитная стенка Университетской набережной была доведена до его устоев. Исаакиевский мост был переведён ближе к стрелке Васильевского острова и стал называться Дворцовым. В 1858 году был устроен спуск к Неве между зданием Двенадцати коллегий и Академией наук.
В 1866-1867 годах на набережной между 1-й и 2-й линиями Васильевского острова появился Румянцевский сад.
В 1880 году в Ректорском доме родился будущий поэт Александр Александрович Блок. Произошло это в комнате с окнами во двор, на втором этаже. Об этом событии упоминает мраморная доска, укреплённая на фасаде здания.
16 апреля 1887 года набережная официально стала называться Университетской (по зданию Петербургского Университета) [2].
Во время Великой Отечественной войны на Университетской набережной располагались зенитные батареи. Над сфинксами было сооружено специальное укрытие. После окончания войны гранитные стенки были реставрированы. В 1958-1960-х годах воссозданы утраченные ещё в XIX веке бронзовые грифоны. Капитальный ремонт Университетской набережной от Менделеевской линии до устоев Исаакиевского моста производился в 1983-1984 годах. В 2007 году ремонтировался участок от Благовещенского моста до Кадетской линии.
В советское время на Университетской набережной было организовано движение троллейбусов и трамваев. Во время последних ремонтных работ в 1990-х годах, в связи с общей тенденцией вывода трамвайных линий из центра Санкт-Петербурга, трамвайные пути с набережной убраны. Тогда же некоторые из гранитных блоков набережной были заменены на новые, заново был переоформлен устой Исаакиевского моста.
Рядом со зданием манежа Кадетского корпуса в октябре 2002 года был установлен памятник в виде открытой книги. На гранитных страницах помещён отрывок из поэмы А. С. Пушкина "Медный всадник" с автографом поэта. Монумент создали искусствовед А. Г. Раскин, архитектор О. С. Романов и скульптор Э. П. Соловьёва.
Университетская набережная считается одной из самых красивых в городе. С неё открывается панорама на Адмиралтейскую и Английскую набережные, вид на Адмиралтейство, Сенатскую площадь с "Медным всадником", Исаакиевским собором и зданием Сената и Синода.