Дворец Меншикова находится на Васильевском острове, который Пётр I сразу после основания Петербурга подарил своему приближённому, генералу-фельдмаршалу, генералиссимусу, светлейшему князю, первому губернатору Петербурга Александру Даниловичу Меншикову. В 1704 году князь заложил здесь огород и сад. В глубине участка под руководством комиссара от строений У. А. Сенявина был построен деревянный дворец.
Историк К. В. Малиновский в книге "Санкт-Петербург XVIII века" пишет, что строительство деревянного дворца началось в июне 1704 года. В качестве доказательств он приводит документы, среди которых самый ранний - письмо И. Я. Яковлева Меншикову от 23 ноября 1705 года: "... у того дому строения многова числа ещё требует и вскоре, чаю, поспешить невозможно, а елико можем, будем чинить всякое в строении поспешительство" [Цит. по: 2, с. 49]. Другое письмо Яковлева Меншикову от 21 августа 1706 года свидетельствует о том, что тогда собирались приступать к отделке помещений: "При Санкт Петер Бурхе архитектурного дела мастер, которой у строения дому вашего сиятельства, что на Васильевском острову, подал нам роспись, что потребно ко украшению того дому купить на обивку по стенам шпалер, зеркол, стулов и протчих тому подобных вещей. И по той Государь росписи у города, что можно сыскать, то конечно государь покупкою управим" [Цит. по: 2, с. 49, 50]. Отделка была завершена только в октябре 1710 года.
При устройстве усадьбы первое время предпринимались мероприятия оборонительного характера. На отвоёванные земли продолжали претендовать шведы, поэтому Меншиков в октябре 1707 года писал У. А. Сенявину: "... изволте поспешить в строении моего дому на Васильевском острову, также ради надлежащие осторожности на том острову круг всего строения изволте зделать немедленно полисад с выводом, дабы оное строение оборонять было возможно, что чего не дай боже неприятел подбегом не учинил и не сжёг или иного какова учинить не мог" [Цит. по: 2, с. 52].
Описания современников характеризуют этот дворец как построенный "на итальянский манер". Это косвенно свидетельствует о том, что проект первого деревянного Меншиковского дворца составил Доменико Трезини, единственный в то время архитектор способный создать такое архитектурное произведение.
Двухэтажное здание имело форму буквы П, с высоким крыльцом ведущим на второй этаж. Парадным подъездом к Нему служил прокопанный от Невы канал с бассейном перед входом. В Посольском дворце устраивали официальные приёмы и торжества.
Первым крупным торжеством в Меншиковском дворце стала свадьба племянницы Петра I Анны Иоанновны и герцога Курляндского Фридриха Вильгельма, состоявшаяся 31 октября 1710 года. Это событие описал историк П. Н. Петров в своей книге "История Санкт-Петербурга":
За дворцом был разбит сад, устроен огород, вплоть до Малой Невы. В усадебном саде также устраивались ассамблеи. Устройством сада занимался личный садовник князя голландец Ян Эйк. По его плану здесь была проложена сетка дорожек, устроены фигурные боскеты и пруды, скульптурные композиции, лабиринты. В 1711 году в саду от Невы прорыли канал с круглым прудом у дворцового крыльца.
После победы в 1709 году русских войск под Полтавой уже ничто не мешало преобразования посада вокруг Петропавловской крепости в полноценный город. В 1710 году на самом берегу Невы (на будущей Университетской набережной), рядом с ещё недостроенным деревянным дворцом, приступили к строительству каменного Меншиковского дворца.
Строительством руководил архитектор Франческо Фонтана [2, с. 64]. Для выполнения строительных работ Меншиковым сюда были отправлены его крепостные из суздальских, ижорских и копорских селений, тамбовские плотники, костромские штукатуры, большое число наёмных рабочих. 1 октября 1711 года, когда был построен лишь первый этаж, здесь праздновали новоселье.
В 1712 году были построены боковые симметричные корпуса, обустроен центральный ризалит с крыльцом на северном фасаде. В этом же году здесь игрались свадьбы Я. Ф. Долгорукова, Б. П. Шереметева и других влиятельных лиц, не имевший к тому времени в Санкт-Петербурге собственных особняков.
Фонтана не окончил строительство, из-за тяжёлых условий жизни в новом городе уехал из России. В 1713 году для завершения строительства Меншиков нанял архитектора Иоганна Готфрида Шеделя. Им при помощи дополнительных флигелей был устроен курдонер со стороны сада и Посольского дворца. Благодаря своей власти для работы над зданием Меншиковым привлекались архитекторы Д. Трезини, Б. К. Растрелли, Г. И. Маттарнови, Ж. Б. Леблон.
В феврале 1714 года Меншиков заселился в только что завершённое трёхэтажное здание (сейчас его центральный корпус). К тому времени дворец был самым высоким зданием в Санкт-Петербурге. Иностранец, посетивший Петербург в 1716-1717 годах так описал Меншиковский дворец:
В 1716-1720 годах дворец Меншикова был расширен на север, дворовое пространство стало заключено в каре. В 1720-1721 годах параллельно набережной к основному зданию было пристроено западное крыло. Здесь были устроены "Наугольные палаты", где в большом зале заседала Военная коллегия. Её первым президентом был сам князь Меншиков. В 1727 году было начато строительство восточного крыла, однако перед ссылкой хозяина усадьбы успели возвести только фундаменты.
Дворец Меншикова в начале XVIII века стал самым заметным жилым домом в городе. Даже дворец Петра I тогда был всего одноэтажным. Меншиков же, любящий роскошь, не жалел средств на благоустройство. Внутреннее убранство дворца чрезвычайно богато, внутри здания всё обустраивалось на современный европейский манер. Стены кабинетов облицовывались голландской керамической плиткой, в России тогда её не производили вообще. Получал её Меншиков от голландских купцов в виде подарков. Мебель привозилась из Италии и Франции. Крыша дворца была двухярусной с переломами, раскрашена белыми и красными ромбами в шахматном порядке. Аттик со стороны Невы украшали шесть статуй (предположительно Зевса, Юноны, Меркурия, Марса, Нептуна и Венеры). Боковые ризалиты украшались княжескими коронами.
Второй этаж считался главным. Здесь находился Большой (Ассамблейный) зал. Первый этаж дворца предназначался для исполнения государственных обязанностей его владельца. Здесь размещались большая палата для официальных мероприятий, приёмные помещения, кордегардия, комната для дежурных матросов и гребцов. Кроме того - парадная поварня, токарня, различные мастерские. В цокольном этаже находились погреба и жильё служащих князя.
Пётр I использовал дворец для приёма послов, здесь в Ассамблейном зале проходили "петровские ассамблеи" на которых собиралось до 200 человек. Мужчины были обязаны приходить сюда без бород, в европейской одежде. В 1721 году здесь состоялся грандиозный маскарад по случаю Ништадтского мира.
После ссылки князя А. Д. Меншикова бывшая его резиденция использовалась как склад. По указу императрицы Анны Иоанновны от 29 июня 1731 года дворец перешёл привилегированному военному училищу - Сухопутному шляхетскому кадетскому корпусу (с 1800 года - Первый кадетский корпус).
В 1732 году по проекту М. Г. Земцова помещения во дворце были переоборудованы для нужд учебного заведения. В 1739 году шатровая крыша была заменена вальмовой, на боковых ризалитах возвели треугольные фронтоны. Со стороны Кадетской линии ко дворцу архитектором Джузеппе Трезини для нужд учебного заведения пристроили новое протяжённое здание. В 1743-1745 годах в Ассамблейном зале была устроена домовая церковь Воскресения Христова. Место аттика занял полукруглый фронтон с символикой кадетского корпуса. С этого времени корпуса дворца, построенные до 1714 года, стали именоваться церковью Кадетского корпуса. Здесь же разместили квартиры церковнослужителей. В 1768 году церковный зал был перестроен, он стал двухсветным с овальными окнами-люкарнами.
Усадебный сад был также реорганизован. Множество деревьев и скульптур отсюда по желанию императрицы Елизаветы Петровны были перенесены в Летний сад. Освободившееся пространство отдали под сад Кадетов, который по праздничным и выходным дням был открыт для всех желающих.
На месте фундаментов восточного фасада в 1758-1760 годах построили новый флигель, фасады которого оформили по образу и подобию западного. Этими работами руководил И. Борхард. Часть флигеля со стороны Филологического переулка была предназначена для учебных классов и лазарета. В соединительном корпусе был устроен рекреационный зал для свиданий и публичных собраний. После пожара 1773 года его восстановили по проекту, предположительно Ю. М. Фельтена. Зал стал двусветным, стал называться Елизаветинским. В 1776-1779 годах церковный зал был заново оформлен, на этот раз в классическом стиле.
По повелению Александра III в 1888 году в сохранивших со времён Меншикова отделку помещениях устроили музей Первого кадетского корпуса. Под руководством архитектора М. А. Иванова здесь проводилась реставрация, с 1895 года к ней привлекался архитектор А. А. Парланд.
В 1920-х годах в Меншиковском дворце размещалась Военно-политическая академия. Церковь и музей были закрыты в 1924 году. В 1937 году здание передали Военно-Транспортной академии (сейчас Военная академия тыла и транспорта). Несколько лет в некоторых помещениях работал 1-й Юридический институт. Во время блокады Ленинграда во дворце работал военный госпиталь.
В 1956 году дворец Меншикова сдали в аренду Ленинградскому государственному университету. Под руководством А. Э. Гессена были проведены архитектурно-археологические исследования. В 1965 году здание освободили занимающие его организации, в 1967 году оно стало принадлежать Государственному Эрмитажу. С 1976 по 1981 год дворец реставрировался. По предложению Гессена зданию был возвращён первоначальный облик. Сделано это было в 1970-х годах институтом Ленжилпроект. Проект реставрации составили архитекторы В. К. Галочкин, Г. В. Михайлов, И. В. Бурковская и инженер К. А. Кочергин. Были воссозданы шатровая крыша с переломами, аттик, прямоугольные окна с мелкой расстекловкой. В 1981 году здесь открылся музей дворянского быта начала XVIII века - "Меншиковский дворец-музей", филиал Государственного Эрмитажа.
В 2002 году были восстановлены короны и вазы на фронтонах, в ноябре возле входа установили бюст А. Д. Меншикова работы скульптора М. Т. Литовченко-Аникушиной и архитектором О. А. Бруниной. Предполагается восстановление скульптур на аттике.
