Иоганн Готфрид Шедель родился в Ванвсбеке близ Гамбурга около 1680 года. Архитектурному мастерству он обучался среди немецких мастеров, близких к школе зодчего Андреаса Шлютера.
В 1713 году Иоганн Шедель по приглашению князя А. Д. Меншикова приехал в Санкт-Петербург. Здесь он занимался окончанием строительства Меншиковского дворца, построил его западное крыло и заложил восточное. Тогда же Шедель вёл строительство дворца А. Д. Меншикова в Ораниенбауме. Вместе с И. Ф. Браунштейном он перестраивал дом Меншикова в Кронштадте.
После ссылки князя в 1727-1729 году Шедель состоял архитектором в штате Канцелярии от строений. В 1729 году его перевели в Москву, где он был помощником архитектора Растрелли при строительстве деревянного дворца императрицы Анны Иоанновны. Тогда же он начал строительство Благовещенской церкви в Кремле и Никольской церкви в Домодедово.
В 1731 году Иоганн Шедель переехал в Киев, куда его направили по прошению Киевского митрополита. В этом городе архитектор работал наиболее плодотворно, занимаясь как постройками в самом Киеве, так и в Киево-Печерской лавре.
Иоганн Шедель умер в Киеве 10 февраля 1752 года.
