Аптекарский переулок находится в части Санкт-Петербурга, которая с 1705 года стала Греческой слободой. Её улицы были безымянными, одна из них впоследствии и стала Аптекарским переулком.
В 1710 году бывший дворцовый садовник Петр ван дер Гар подарил свой участок, купленный им ранее за 300 рублей, под строительство католической церкви. На этом месте архитектор Трезини за собственные деньги построил деревянный дом с молельней и квартирами для духовенства [2, с. 2, 22]. Эта постройка находилась на участке дома №3 по Аптекарскому переулку.
К 1715 году западную часть Аптекарского переулка сформировал участок графа Василия Дмитриевича Олсуфьева (Алсуфьева). Около Мойки находились его конюшни и сад. Восточную сторону улицы составили задние дворы участков, своей главной стороной выходившие на Царицын луг (ныне Марсово поле).
Деревянная стихийная застройка Греческой слободы сгорела во время опустошительного пожара летом 1737 года. Топоним "Аптекарский переулок" впервые появился на карте Петербурга уже в 1738 году, хотя официальное название переулок получил в 1776 году и никогда его не менял. Его имя связано со зданием Главной Придворной аптеки (дом №1), переведённой сюда к 1731 году из Петропавловской крепости.
Ещё с первых лет существования Петербурга на берегу Мойки, в створе Аптекарского переулка, находился рынок. В 1785-1790 годах на этом месте архитектором Д. Кваренги было построено торговое здание, известное в городе как Круглый рынок. В 1789-1796 годах здание Главной Аптеки было перестроено тем же зодчим, сохраняет с тех пор свой облик до наших дней.
В 1817-1821 годах архитектором В. П. Стасовым было построено здание казарм Павловского полка (дом №2), которое составило значительную часть восточной стороны Аптекарского переулка. В доме №4 в 1820-х годах жил генерал-лейтенант К. И. Бистром.
В доме №6 по Аптекарскому переулку в разное время жили архитектор А. А. Парланд, артист П. В. Самойлов.
