Мариан Марианович Перетяткович родился 23 августа 1872 года в Волынской губернии в имении своих родителей Усичи. Он происходил из старинного дворянского польского рода.
Среднее образование Мариан получил в Ровенском реальном училище. После его окончания в 1890 году он выбрал военную профессию. Два года молодой человек обучался в военном училище, был произведён в корнеты 2-го драгунского генерал-фельдмаршала Меншикова полка. Позже его прикомандировали к 1-му казачьему Уманскому полку в Закавказье.
Местная природа произвела на Перетятковича глубокое впечатление. С юных лет он прекрасно рисовал. Поняв, что военная карьера не является его судьбой, он ушёл в запас в чине штаб-ротмистра и поступил в Санкт-Петербургский институт гражданских инженеров. Институт Мариан Марианович закончил в 1901 году, после чего поступил на архитектурное отделение Высшего художественного училища при Академии художеств, где стал одним из любимых учеников Леонтия Николаевича Бенуа.
Параллельно с обучением в Академии художеств Перетяткович получал практические навыки проектной работы. В Москве он подготавливал проект гостиницы "Метрополь", вместе с архитекторами Р. И. Клейном и И. И. Рербергом строил Музей изящных искусств. После победы на конкурсе проектов здания Московского купеческого собрания, где он в 1905 году участвовал в паре с М. С. Лялевичем, авторитет Мариана Мариановича Перетятковича значительно возрос. Ему начали поступать частные заказы. За следующие два года он спроектировал дом дешёвых квартир Г. Г. Солодовского в Москве и доходный дом А. Н. Перцева в Петербурге, участвовал в возведении "Дома Зингера" по проекту П. Ю. Сюзора.
В 1906 году М. М. Перетяткович окончил училище со званием художника-архитектора и оплачиваемой командировкой за границу. Зодчий проходил стажировку в Италии, Франции, Бельгии, Голландии, Германии, Греции. Особенно много времени он провёл в Венеции, Флоренции, Риме, где создал большое число зарисовок.
Находясь за границей Мариан Марианович продолжал участвовать в отечественных архитектурных конкурсах. Он получил первые премии за проект перестройки Николаевского (Московского) вокзала, проект торгового дома Северного страхового общества в Москве, проект мечети в Петербурге.
Вернувшись в Россию, Мариан Марианович Перетяткович участвовал в ряде совместных проектов с Леонтием Николаевичем Бенуа. Наиболее известной его постройкой в тот период стала церковь Нотр-Дам де Франс в Ковенском переулке, освящённая 22 ноября 1909 года. Другим возведённым по проекту архитектора храмом в 1910-1911 годах стал "Спас-на-Водах". В то же время он занимался строительством здания страхового общества "Саламандра" (Гороховая ул. 4), трамвайного моста через Фонтанку (против Большой Подъяческой улицы), Сытного рынка, дома М. И. Вавельберга (Невский пр. 7-9). Им же был подготовлен проект дома городских учреждений на Кронверкском проспекте, который позже был реализован со значительными изменениями. В 1912-1914 годах по проекту Перетятковича было построено здание Русского торгово-промышленного банка (Большая Морская ул. 15).
С 1908 года Перетяткович входил в состав совета журнала "Зодчий" и в совет Общества гражданских инженеров. В 1912 году он был избран академиком архитектуры.
Последней работой зодчего стало здание Министерства торговли и промышленности (наб. Макарова 8). Через несколько месяцев после окончания его строительства 22 мая 1916 года Мариан Марианович Перетяткович умер в Киеве он болезни сердца. Из Петербурга в Киев он уехал всего за неделю до смерти, надеясь там поправить своё здоровье.