Одним из первых владельцев участка дома №5 по Марсову полю был генерал-прокурор сената Павел Иванович Ягужинский. Его сын Сергей, генерал-поручик, построил здесь особняк, выходивший своими фасадами как на Марсово поле, так и на Аптекарский переулок.
В начале XIX века участок принадлежал генералу Степану Степановичу Апраксину. Затем владелицей трёхэтажного дома стала графиня София Петровна Апраксина. Её муж Антон Степанович представлял другую ветвь этого знаменитого рода. В доме №6 по Аптекарскому переулку в разное время жили архитектор А. А. Парланд и артист П. В. Самойлов.
С 1890-х годов корпус со стороны Аптекарского переулка принадлежал графине Софье Сергеевне Мещерской, бывшей замужем за членом Государственного совета графом Алексеем Павловичем Мещерским. После его смерти она создала политический салон, где дважды в неделю собирались для докладов на религиозно-политические темы и их обсуждений. Этот салон оказывал реальное влияние на принятие некоторых решений, назначение обер-прокурора Синода.
В начале XX века в доме №5 находилось "Убежище для призреваемых детей, оставшихся по разным причинам без присмотра". Накануне 1917 года здесь снимал квартиру банкир, приятель Григория Распутина Дмитрий Львович Рубинштейн. В советское время здание было надстроено третьим этажом. Долгое время в нём работал НИИ торфяной промышленности.
