21 сентября 1721 года вышел именной указ о начале строительства в устье Чёрного (Глухого) протока на Васильевском острове "фортеции" - Галерной гавани Гребного порта. Проект этого комплекса сооружений составил Доменико Трезини, руководил строительством командующий Галерным флотом М. Х. Змаевич. По задумке Трезини здесь был вырыт прямоугольный бассейн, соединённый с Финским заливом 400-метровым каналом. Чёрный проток, начинавший своё течение в районе болот Смоленского поля, был засыпан. У залива были построены две деревянные дозорные башни - кроншпицы.
Осенью 1723 года сюда перевели с Фонтанки 94 галеры. В 1724 году в гавань были переведены ещё 90 построенных в Адмиралтействе судов, а в казармах разместили команду из 2000 человек. На берегу бассейна построили эллинги для галер. Их строительством занимался И. К. Коробов в 1728 году. Он же руководил здесь строительными работами после смерти Трезини в 1734-1740 годах. Осенью 1729 года территория гавани была обнесена палисадом из вертикально поставленных брёвен. В 1736 году его дополнили земляным валом и рвом.
С 1744 года в гавани работал С. И. Чевакинский, по чьему проекту в 1753-1754 годах были перестроены галерные сараи. В 1750-1754 годах камнем были облицованы стены канала. Эти работы выполнил вероятно каменных дел мастер М. А. Башмаков. Им же были перестроены в камне кроншпицы.
В 1808-1812 годах по проекту А. Д. Захарова берега канала были укреплены гранитными набережными со спусками. В 1825-1826 годах по проекту П. Жигалёва на месте старого деревянного был построен новый каменный одноэтажный караульный дом (Шкиперский проток, 21). В 1830-х годах Захаровым было осуществлено строительство Малого бассейна. В 1854 году вместо прежних устройств для подъёма судов был установлен паровой кран. В 1864 году он получил мощный фундамент и облицованную гранитом площадку.
Во второй половине XIX века в Галерной гавани проходили испытания новой техники для флота. В 1880-1881 годах на территории гавани разместился Пироклисиновый завод. Вблизи него в 1894 году по проекту инженеров Куториха и Яковлева построили водонапорную башню. В 1896-1897 годах на берегу бассейна было построено каменное двухэтажное пожарное депо. В 1904-1905 годах караульный дом был частично надстроен вторым этажом. В 1904-1906 годах для Пироксилинового завода построили сушильню для пороха, котельную, пороховую мастерскую.
В XX веке в Галерной гавани проходили испытания отечественный гидросамолётов. В 1906 году участок Гребного порта на берегу залива был передан Невскому яхт-клубу. Его территория была отделена кирпичным забором. На его углу в 1910 году была установлена беседка, работы архитектора А. В. Кенеля.
В 1950-х годах проводилась реставрация кроншпицев. В настоящее время в Малых бассейнах находится спортивный клуб "Галерная гавань". Восточный кроншпиц используется как спасательная станция.
