Участок на углу Среднего проспекта и 3-й линии Васильевского острова в середине XVIII века принадлежал англичанину В. В. Гому, затем купцу П. П. Шустину. Первоначально владение занимало большую территорию, а в начале 1820-х годов было разделено. Угловой участок выкупила купчиха В. Ф. Борисова (принадлежал ей до 1860-х годов). В 1872 году его приобрёл купец Я. Х. Пель. В это время здесь находился деревянный одноэтажный дом.
Изначально (с 1732 года), лютеранская часовня на Васильевском острове располагалась в здании Кадетского корпуса, организованного фельдмаршалом Минихом. Среди его воспитанников было много прибалтийский дворян, исповедовавших лютеранство. В 1839 году здание перестраивалось, а 12 мая 1842 года часовня была снесена, так как "загромождает двор". Николая I не устраивало частое присутствие гражданских лиц на территории воинской части. Поэтому из казны стали выделять по 5 000 рублей на аренду помещения в доме на углу Среднего проспекта и 3-й линии.
В июне 1872 года председатель совета евангелическо-лютеранского прихода церкви святого Михаила В. Лесгафт обратился в Генеральную консисторию с ходатайством о выкупе участка Пеля. 9 июня разрешение на такую покупку было дано.
В этом же году архитектором Р. Е. Бергманом был составлен проект храма в неоготическом стиле. Этот проект был отвергнут. 12 июля 1874 года Александром III была принята работа инженера К. К. Бульмеринга. Данный проект предусмотрел аналогичное стилевое оформление здания. Закладка храма на 800 человек состоялась 23 октября 1874 года. Церковь в формах немецкой неоготической архитектуры была освящена 19 декабря 1876 года. Строительные работы продолжались ещё год. Колокольня собора святого Михаила стала одной из высотных доминант Васильевского острова. Её высота равна 60 метрам.
Внутреннее пространство храма изначально было разделено на три нефа. Над входом находился орган и места для певчих. В 1886 году фасад здания был изменён по проекту Р. Б. Бернгарда. К 1909 году приход насчитывал 2 000 человек. Церковь содержала богадельню и два сиротских приюта.
Весной 1929 года здание передали лютеранской общине Иисуса Христа [2, с. 260]. Её пастором был Курт Мусс, которого 17 декабря арестовали по сфабрикованному делу и обвинили в антисоветской пропаганде. Спустя год он был приговорён к 10 годам лагерей. Для дальнейших служб, которые проводились на русском языке, община привлекала пасторов из других храмов. В июле 1933 года был запрещён колокольный звон, а спустя несколько месяцев власти решили снять и переплавить "на нужды индустриализации" единственный колокол весом 640 килограммов. Он всё-таки уцелел и в 1946 году был передан православной церкви на Смоленском кладбище.
1 августа 1935 года президиум Леноблисполкома принял решение о закрытии кирхи святого Михаила и передаче её здания под библиотеку [2, с. 168]. Однако, из-за протеста верующих закрытие храма было отложено на две недели. 15 августа храм был закрыт, а остатки общины перебрались в Петрикирхе.
Библиотека в здании церкви так и не появилась. С 1947 года бывший храм использовали как склад табачной фабрики. В 1952-1992 годах здесь размещался завод "Спорт", внутреннее пространство здания было поделено на три этажа. Завод занимался производством спортивного инвентаря.
В 1993 году храм был передан Христианскому евангелическо-лютеранскому объединению, после чего здесь возобновились богослужения. В настоящее время церковь святого Михаила реставрируется.
