Решение о строительстве больницы им. Петра Великого было принято в связи с празднованием 200-летия Санкт-Петербурга. Место для строительства выбирали несколько лет, в результате выбрали северо-восточную окраину города, участок у Большеохтинской дороги (теперь это Пискарёвский проспект).
Архитектурный конкурс на проектирование больничного комплекса был объявлен в мае 1906 годе. Конкурсную комиссию, в которую входили не только архитекторы, но и экономисты, врачи, возглавил Л. Н. Бенуа.
К назначенному сроку (17 июля 1906 года) комиссия получила 24 проекта. Первое место заняла работа под девизом "Зелёный круг", её авторами являлись Л. А. Ильин, А. И. Клейн и А. В. Розенберг.
При разработке проекта больничного комплекса архитекторы воспользовались уже существующими решениями подобных проектов в Германии и Голландии. На 40 гектарах разместилось 50 зданий. При их проектировании учитывалась взаимосвязь корпусов, обустраивались крытые переходы. На первом этапе больница была рассчитана на 1 000 мест, но к 1905 году когда городская дума ассигновала на строительство 3 000 000 рублей, количество мест увеличили до 2 000. В центре главной площади предусматривалось место для памятника Петру I. Однако памятник тогда так и не был поставлен.
Так как больница возводилась по случаю 200-летия Санкт-Петербурга, то авторы проекта выбрали для фасадов строящихся зданий стиль, известный как "петровское барокко". Именно в таком стиле строили первые петербургские каменные дома.
Проект больницы им. Петра Великого разрабатывался исходя из расположения комплекса на окраине города. Здесь предусматривалось устройство собственной котельной, небольшой электростанции. Создавались условия для ведения садового и тепличного хозяйства, содержания конюшни и коровника.
Фактически строительство началось в 1907 году. Новый медицинский комплекс сразу же стал базой для созданного академиком В. М. Бехтеревым Психоневрологического института. Позже институт неоднократно реформировался, менял названия.
Официальная церемония закладки состоялась в 1910 году в день рождения Петра I. В 1912-1914 годах в комплекс вошёл каменный храм, освящённый во имя Святых Петра и Павла. Открылась больница в 1914 году, однако к тому моменту строительные работы не были завершены. К марту 1914 года были готовы лишь шесть первых терапевтических корпусов, в следующем году - ещё два хирургических павильона, жилой дом, прачечная, центральная тепловая станция. Тогда здесь удалось обустроить только 600 мест для больных [1].
После 1917 года возведение больничного комплекса было приостановлено. Вернулись к ним только в 1922-1925 годах. С 1932 года больница стала носить имя академика И. И. Мечникова. В 1936 году на центральной аллее ему открыли памятник. Интересно, что тогда использовали постамент, который первоначально планировалось использовать под памятник Петру I.
Во время Великой Отечественной войны на базе больничного комплекса был открыт сортировочно-эвакуационный госпиталь №2222. За время блокады Ленинграда госпиталь принял 310 000 больных. Здесь же, несмотря на нехватку лекарств и продуктов питания, лечили и немецких солдат. Во время блокады здесь была оказана помощь более чем 1 000 военнопленным.
Сразу после начала блокады весь персонал больницы перебрался в специально отведённые для них корпуса. За директорским корпусом появился огород, скотный двор и сад. При больнице работал детский сад для детей живших здесь врачей. Самым сложным периодом для персонала госпиталя стала зима 1941-1942 годов, когда не работали отопление и канализация.
В июне 1994 года институт получил новое название - Санкт-Петербургская Государственная медицинская академия, в декабре 1995 года ей было присвоено имя нобелевского лауреата И. И. Мечникова.
В 2001-2002 годах велась реставрация церкви Святых Петра и Павла. 29 мая 2003 года на территории больницы была заложена часовня в честь митрополита Петроградского Вениамина.
