Первым жителем участка дома №12 по набережной реки Мойки стал архитектор Доменико Трезини. В 1700-1710-х годах для него здесь был построен небольшой временный деревянный дом, из которого зодчий переехал в особняк на 5-й линии Васильевского острова. Его участок перешёл секретарю Петра I Ивану Антоновичу Черкасову, ставшему после смерти императора заведующим кабинетом Екатерины I.
На берегу Мойки Черкасов построил большой каменный трёхэтажный особняк с двухэтажными дворовыми каменными флигелями. Застройка участка дома №12 определилась одной из первых в квартале, в 1730-1740-х годах. Даже к 1770 году расположенное здесь здание оставалось самым большим в округе, что хорошо видно на листах плана Сент-Илера.
При императрице Анне Иоанновне Черкасов пострадал из-за придворных интриг герцога Эрнста Иоганна Бирона, был сослан в Сибирь. Но Елизавета Петровна вернула Ивана Антоновича в Петербург и сделал его своим кабинет-секретарём. При этом Черкасову был возмещён материальный и моральный ущерб, который позволил навести порядок в имении на Мойке. Фасад и помещения в перестроенном особняке оформили в голландском стиле. Для строительства был использован весьма дорогой "лицевой голландский кирпич".
После смерти Ивана Антоновича участок перешёл к его сыну, президенту медицинской коллегии А. И. Черкасову. Тот неожиданно женился на дочери врага своего отца, Бирона, которая стала полновластной хозяйкой в особняке. В 1762 году здесь останавливался сам Бирон, помилованный императором Петром III. Тогда же особняк Черкасова был продан. Находящиеся во дворе конюшни получили в народе название "бироновские", так как по легенде они были устроены для некогда всесильного и могущественного герцога. Эти конюшни сохранились до наших дней.
В 1785 году дом №12 стал подарком Екатерины II обер-гофмаршалу Г. Н. Орлову, двоюродному брату фаворита императрицы. К конце XVIII столетия хозяйкой здесь была графиня Е. П. Шувалова. От неё особняк достался купцу 1-й гильдии Алексею Жадимировскому, брату владельца дома №8 по набережной Мойки. Жадимировским здание было перестроено, оно получило черты раннего классицизма.
От А. Жадимировского в 1806 году участок перешёл княгине Александре Николаевне Волконской. С её сыном Сергеем дружил поэт Александр Сергеевич Пушкин. Декабрист Сергей Волконский после восстания был отправлен в ссылку в Сибирь, за ним в декабре 1826 года отправилась его супруга Мария. Своего малолетнего сына она оставила в доме на Мойке при свекрови.
В 1835 году по завещанию Анна Николаевна передала участок своей дочери княгине Софье Григорьевне Волконской. Та здесь не жила, на семейном совете было принято решение сдавать квартиры в особняке поэтажно. Известие об этом случайно на одном из дружеских обедов получил А. С. Пушкин. Переговоры о найме поэт вёл с гофмейстером двора Его Императорского Величества сенатором Львом Алексеевичем Перовским, который занимался имущественными делами Волконских. Сама Софья Григорьевна тогда отдыхала в Италии, вероятно она даже не знала о таких переговорах. Осенью 1836 года сюда переехала семья Александра Сергеевича Пушкина.
С Пушкиным Перовским был заключён контракт на два года. Деньги за первые четыре месяца внесла супруга поэта Наталья Николаевна. Вот текст договора:
Кроме жены и детей с Пушкиным жили крепостные дворовые люди: две няни, кормилица, лакей, четыре горничные, три служителя, повар, прачка, полотёр, слуга Никита Козлов, несколько других доверенных слуг. Всего семью поэта обслуживало 20 человек. Парадную анфиладу комнат со стороны Мойки составляли буфетная, столовая, гостиная, спальная и комнаты старших сестёр Гончаровых. Окнами во двор выходили детская, кабинет, передняя и помещения прислуги. Во дворе тогда кроме самих конюшен располагались каретные сараи и сеновал. В каретном сарае Пушкиных находились кабриолет, двухместная коляска и большой четырёхместный экипаж.
Кабинет Пушкина, по воспоминаниям современников, "был простой, светлый, чистый, но в нём ничего не было затейливого, замысловатого" [4]. Украшением этого помещения были только картина Н. Г. Чернецова и подаренная генералом И. Ф. Паскевичем сабля. На полках книжных шкафов в кабинете хранилось 4 500 книг. В доме на Мойке Александр Сергеевич Пушкин занимался, кроме прочего, издательским делом, вёл руководство журнала "Современник".
Квартиру на втором этаже дома Волконских с 1833 года занимала семья сенатора Ф. П. Лубянского.
27 января 1837 года состоялась дуэль Пушкина с Жоржем Дантесом. Смертельно раненого поэта на руках внёс в дом камердинер. В последние часы жизни Пушкина набережную Мойки заполонили люди. На двери дома Жуковский вывешивал бюллетень о ходе болезни. Александр Сергеевич Пушкин скончался 29 января в 2 часа 45 минут. В последующие дни толпа людей стремилась проститься с поэтом, тело которого находилось в переполненной квартире. Гроб с телом убитого 31 января был перенесён в гостиную из передней для прощания. Отсюда 1 февраля его отправили в Конюшенную церковь для отпевания.
Наталья Николаевна Пушкина уехала из квартиры в середине февраля. После её отъезда в Москву всю обстановку и книги вывезли друзья. Последними из вещей отсюда вывезли библиотеку. Спустя два месяца помещения уже были заняты другими жильцами.
Первоначальная внутренняя отделка дома к настоящему времени не сохранилась. В 1910 году были уничтожены парадная лестница в правой части здания и чёрная лестница в левой [3]. Новая же уничтожила одну из комнат "гончаровской половины". В те же годы была полностью перестроена квартира Пушкиных, план которой сохранялся только на листе бумаги. Этот лист впоследствии позволил воссоздать исторические комнаты. На месте прихожей оказались кухня и ванная. Были сделаны новые дверные проёмы, установлены новые перегородки, печи и камины. Помещения первого этажа снимали разные жильцы и организации, в том числе охранное отделение [2].
Музей великого поэта на Мойке 12 был создан одним из первых в СССР - в феврале 1925 года. Ко столетию со дня гибели Пушкина его квартира была в основном воссоздана. Для этого использовали записи и воспоминания современников. Но из-за невозможности провести археологические исследования и из-за неправильной интерпретации некоторых литературных источников, при воссоздании квартиры поэта были допущены ошибки.
Капитальный ремонт дома и реконструкция музея была проведена ещё через 50 лет. Перед этим решением Исполкома Ленсовета от 1983 года дом был расселён, что позволило отдать музею все дворовые флигели.
Ремонт начался в 1984 году. Он осуществлялся строительным трестом №4 управления капитального ремонта и объединением "Реставратор". Им помогали добровольцы из "группы содействия" при ВООПИК. Люди от 16 до 70 лет приходили сюда в свободное время, иногда целыми семьями, и работали бесплатно вместе с профессиональными строителями и реставраторами.
При капитальном ремонте здания строителям пришлось заменить некоторые капитальные конструкции, так как при музейном использовании помещений на них значительно возрастала нагрузка. Вместе с тем, над квартирой Пушкина удалось сохранить сплошной бревенчатый накат, характерный для 1740-х годов.
Перед переоборудованием помещений было проведено археологическое исследование стен. Это позволило выявить первоначальные дверные проёмы и найти новоделы. Так, до первоначальных размеров была увеличена столовая, которую ранее от буфетной и чулана отделяла деревянная перегородка. После её перемещения столовая снова стала освещаться тремя окнами. Дверь из гостиной в кабинет вернулась в центр стены, где до этого стоял камин. При жизни Пушкина эти помещения отапливались печью в углу гостиной. Ещё одним новоделом оказался камин в кабинете, тогда как при Пушкине на его месте стояли ряды полок с книгами. Их тоже вернули на место.
Архитекторам удалось восстановить облик парадной лестницы, вплоть до цвета её стен. Она была полностью восстановлена. Но о чёрной лестнице достаточных сведений найти не удалось.
Исследование стен показало, что вплоть до второй половины XIX века они не были покрыты обоями, а были расписаны клеевыми красками. Плоскости стен разбивались на отдельные панели (зеркала), цвет которых получилось узнать при их расчистке. Только у потолков краска уступала место лепному карнизу, частично сохранившемуся к моменту начала ремонта. Полы пришлось полностью восстанавливать, так как при предыдущем ремонте их перестелили новыми досками. Полотна межкомнатных дверей удалось восстановить по рисунку А. Н. Мокрицкого "Пушкин на смертном одре" и по двум замурованным в помещении третьего этажа старым дверям.
Фасад здания сменил цвет с розовато-серого на жёлтый. Именно таким цветом был окрашен дом в первой трети XIX века. Бывшие конюшни были приспособлены под библиотеку, другие дворовые флигеля стали служить административным и хозяйственным службам музея.
Одновременно с капитальным ремонтом здания проводилась реставрация экспонатов музея. Материалы для мебели поставляли фабрика "Ленсукно", объединение "Севзапмебель", многие реставрационные мастерские города. В Эрмитаже восстановили конторку и письменный стол Пушкина. Другой мебелью занимались специалисты "Росреставрации".
Художественный проект экспозиции выполнили Т. Н. Воронихина и О. В. Щербин. Ю. Д. Алиханов создал точные дубликаты исторических рукописей, счетов, писем, долговых обязательств. Оригиналы были помещены на особое хранение, тогда как копии стали экспонатами музея.
Мемориальный музей на Мойке 12 вновь открылся для посетителей 10 февраля 1987 года [4].