Здание церкви Спаса Нерукотворного образа входит в комплекс Конюшенного двора, является композиционным центром его южного фасада, выходящего на Конюшенную площадь.
Конюшенный двор был построен в 1720-1724 годах по проекту Н. Гербеля. В 1736 году в связи с желанием служащих придворных конюшен иметь свой храм императрица Анна Иоанновна повелела создать здесь церковь. Именно тогда в помещении над воротами и была построена деревянная церковь Спаса Нерукотворного. Её автор, предположительно, Доменико Трезини. Освятили церковь в 1737 году. По желанию Анны Иоанновны сюда из Византии перевезли Образ Спаса Нерукотворного, Плащаницу и икону Знамение.
По повелению императрицы Елизаветы Петровны здание церкви перестроили в камне. 23 декабря 1746 года императрица "по утру в 10-м часу утра изволила поехать на конюшенный свой императорский двор для освящения церкви, что на вратах; и на конюшенном дворе, в канцелярии, изволила кушать обеденное кушанье" [Цит. по: 3, с. 14].
К началу XIX века старый храм уже не соответствовал новым требованиям облика столицы. Церковь, как и Конюшенный двор, принадлежала казне. Поэтому в 1817-1823 годах она перестраивалась архитектором Василием Петровичем Стасовым за казённый счёт.
Церковь Спаса Нерукотворного образа до перестройки Конюшенного двора располагалась в двухэтажном служебном помещении. Стасов предложил разместить храм на втором этаже над главными воротами, целесообразность чего подтвердила экспертная техническая комиссия в составе архитекторов К. Росси и А. Модюи. Для оборудования церкви в старых стенах пришлось новые оконные и дверные проёмы. Некоторые стены сносились, строились новые. Капитальные строительные работы были завершены 2 мая 1822 года, после чего началась внутренняя отделка помещения храма. Его освящение состоялось 1 апреля 1823 года [3, с. 22].
Фасад здания украсили барельефы "Вход Господень в Иерусалим" и "Несение Креста" выполненные В. И. Демут-Малиновским. Интерьер Конюшенной церкви создавали художники С. А. Безсонов и Ф. П. Брюлло, лепщик Н. П. Заколупин. Резной иконостас был изготовлен скульптором-резчиком П. Крейтаном. Образа для него написали художники А. Е. Егоров, А. И. Иванов, В. К. Шебуев и Ф. П. Брюлло.
Главными святынями здесь стали привезённые из Константинополя икона Нерукотворного Спаса и Знамения, шитая шёлком и жемчугом плащаница. Передача храма церковному старосте Пьянкову произошла в октябре 1824 года. Писатель и художник П. П. Свиньин так описал церковь:
Широкая правильная колоннада составляет вход и как бы преддверие сего великолепного храма. Выйдя из сей первой части его, взор поражается богатством и красотою иконостаса, образующего полуциркульную выпуклость. И если изящество его резьбы привлекает прежде всего внимание зрителя, то серьёзное и продолжительное удивление обратит на себя живопись иконостаса" [Цит. по: 2, с. 445].
Главный церковный зал украшают десять дорических колонн, которые поддерживают хоры по его сторонам. Восемь из них кирпичные, а две деревянные, облицованные жёлтым мрамором. Зал был оборудован люстрой на 108 свечей, созданной англичанином Джоном Банистером. Высота люстры составляла четыре метра, ширина - два с половиной метра. Её стоимость составила 18 000 рублей.
На первом этаже Конюшенной церкви в 1826 году была установлена траурная колесница, на которой в Санкт-Петербург привезли тело Александра I из Таганрога. В дальнейшем её поместили в Конюшенный музей.
В 1837 году произошла дуэль с участием Александра Сергеевича Пушкина, в результате которой поэт был смертельно ранен. Отпевание Пушкина состоялось 1 февраля 1837 года в Конюшенной церкви. Особое разрешение на это дал Николай I, который опасался большого скопления людей и общественных волнений. Из-за этого прощание со знаменитым поэтом прошло в столь небольшой церкви. С. Н. Карамзина сообщала брату:
После завершения обряда отпевания гроб с телом Пушкина был перенесён в подвал. В ночь на 4 февраля его тайно ночью отправили к месту погребения в Святогорский монастырь. В это время священником Конюшенной церкви был протоиерей Пётр Дмитриевич Песоцкий.
В 1849 году Конюшенная церковь стала приходской.
22 февраля 1857 года здесь осуществляли панихиду по композитору М. И. Глинке. Существует версия, что композитора здесь отпевали. Но это не так, в Конюшенной церкви прошла лишь панихида в память о Глинке. Композитор скончался 3 февраля 1857 года в Берлине. Его тело перевезли в Петербург 24 мая и похоронили на Тихвинском кладбище Александро-Невской лавры [2, с. 447].
В 1857-1862 годах здание Конюшенной церкви перестраивалось архитектором П. Садовниковым, служившим в это время в Конюшенном ведомстве. Архитектор расширил храм, добавил окон на главном фасаде, превратил портал в псевдопортал. Колонны были сделаны полуколоннами, их соединила стена. Тогда же была обновлена роспись стен храма М. Н. Трощинским. В 1878 году в сенях первого этажа, где до этого стояла траурная колесница Александра I, была устроена часовня с иконостасом из четырёх образов.
Последним настоятелем храма был протоиерей Феодор Иоаннович Знаменский. После 1917 года Конюшенная церковь была разграблена, в мае 1923 года - закрыта [3, с. 25]. Иконостас был вывезен в Музей отжившего культа, а архив сожжён. Вскоре здесь открыли Клуб конной милиции. Памятная доска на фасаде Конюшенной церкви напоминает о том, что "В 1933-1990 годах здесь располагался конный отряд ГПУ", 28-е отделение милиции и НИИ "Гидропроект". Библиотека храма была уничтожена, колокола переплавлены.
Известно, что паникадило (люстра) из храма Спаса Нерукотворного образа в 1900-х годах находилась в главном вестибюле Адмиралтейства.
Новая община Конюшенной церкви возникла в 1989 году. Летом 1990 года было принято решение о возвращении храма верующим, 6 июня (в день рождения Пушкина) здесь была отслужена панихида, а 9 июля 1991 года состоялась первая литургия [3, с. 25]. К 1999 году проведена реставрация, воссоздан иконостас, из Адмиралтейства вернули паникадило. Восстановлением иконостаса занимался мастер Пикалов, новые образа написал В. Г. Корбан. Новое торжественное освящение храма состоялось 14 мая 2000 года митрополитом Владимиром [там же]. Каждое 1 февраля здесь проходит памятная панихида по А. С. Пушкину.
