Участок дома №1 на набережной лейтенанта Шмидта был впервые застроен в 1720-х годах. Здесь находилось два отдельных участка с типовыми домами проекта Д. Трезини. Жили в этих домах генерал А. Волков и некто И. Лутковский (поставщик материалов для стройки здания Двенадцати коллегий).
В 1750-х годах оба участка были выкуплены Академией наук. В 1757-1758 годах по проекту С. И. Чевакинского два отдельных здания объединили в одно. Здесь разместились типография и анатомический театр Академии наук, жилые квартиры. Среди них находилась мастерская и квартира изобретателя И. П. Кулибина. Спустя некоторое время этот дом у петербуржцев получил своё неофициальное название - "Дом академиков".
В 1793-1794 годах для академической гимназии был построен флигель со стороны 7-й линии и Академического переулка. Таким образом на участке образовался замкнутый внутренний двор. В 1808-1809 годах по проекту А. Д. Захарова дом Академиков был перестроен в существующем сейчас виде.
С 1918 года до своей смерти в 1936 году здесь жил первый российский лауреат Нобелевской премии академик И. П. Павлов. С 1949 года, к столетию Павлова, в Доме академиков организована его музей-квартира. Здесь сохранена обстановка прихожей, столовой, гостиной и кабинета-спальни.
В 1948-1950-х годах по предложению президента Академии наук СССР С. И. Вавилова и по проекту архитектора Р. И. Каплана-Ингеля на фасаде Дома академиков были укреплены 19 мемориальных досок с именами живших здесь учёных. Сейчас этих досок насчитывается 29. В разное время в Доме академиков жили М. В. Остроградский, Б. С. Якоби, П. Л. Чебышев, А. П. Карпинский, В. И. Вернадский и другие.
