На месте дома №9 по Университетской набережной в начале XVIII века был построен одноэтажный типовой жилой дом. К берегу Невы он выходил торцевым фасадом шириной в четыре окна. В конце XVIII века здесь был возведён каменный трёхэтажный дом шириной со стороны реки уже в пять окон. Им владел купец М. Т. Пушилов, который содержал здесь питейный дом. Его сын В. М. Пушилов служил преподавателем в располагающемся по соседству Петербургском университете.
В 1840-1842 годах, когда дом №9 принадлежал уже Петербургскому университету, архитектор А. Ф. Щедрин выполнил его реконструкцию под служебную квартиру ректора. Торцевому фасаду здания зодчим был придан облик схожий со зданием Двенадцати коллегий.
Одним из ректоров Университета в 1841-1863 годах был поэт и преподаватель русской словесности П. А. Плетнёв. У него в гостях в 1842 году был Н. В. Гоголь. В 1876-1883 годах ректором служил профессор А. Н. Бекетов. Здесь в 1880 году родился его внук А. А. Блок. Здесь прошли первые детские годы будущего знаменитого поэта.
В мае 2002 года рядом с Ректорским домом был открыт бронзовый памятник А. А. Блоку, первый монумент поэту в Петербурге. Его автор - скульптор Е. Н. Ротанова.
Сейчас Ректорский дом занимают административные службы Петербургского университета.
