Костёл Святой Лурдской Девы Марии был построен для живших в Санкт-Петербурге французов-католиков. Когда им стало тесно в общем для всех петербургских католиков костёле Святой Екатерины, они решили построить свой собственный храм. Впервые такая идея была высказана членами французского посольства в 1860-х годах. Но разрешения на строительство удалось добиться только при Николае II.
Изначально храм хотели построить на Манежной площади. Но против этого выступило православное духовенство. Тогда на средства французского посольства был приобретён участок земли у купца Максимова в Ковенском переулке.
Проект новой католической церкви составил архитектор Леонтий Николаевич Бенуа. Первый проект храма Святой Марии Лурдской был создан в 1902 году в романском стиле. Он замысливался небольших размеров, с башней и домиком для священника. Для облицовки сначала хотели использовать кирпич и природный камень, но затем воспользовались подарком фирмы "Батиньоль", предоставившей большое количество гранита, оставшегося после строительства Троицкого моста. Это обстоятельство заставило Бенуа переработать проект, пригласив в помощники своего ученика Мариана Перетятковича. Вместо трёхнефной композиции получился единый зал под железобетонным сводом.
Костёл Святой Лурдской Девы Марии выполнен так, что в нём сочетаются элементы романского стиля и северного модерна. Главный церковный зал декорирован готическими колоннами. Стены костёла украшают круглые витражные окна и 14 барельефов с изображениями крестного хода Христа на Голгофу. В центре зала за престолом находится картина Захарова "Вручение ключей апостолу Петру". Напротив, на втором этаже установлен орган.
Церковь была освящена в 1909 голу епископом Яном Цепляком. В годы советской власти она была закрыта только с 1922 по 1923 год, но число прихожан значительно сократилось. Долгие годы храм был единственным католическим костёлом в городе.
Во время Великой Отечественной войны здание пострадало от попадания снаряда. После окончания войны его восстановили, оснастили новым органом. Значительным событием в жизни храма стало его посещение президентом Франции генералом де Голлем.
В костёле Святой Лурдской Девы Марии отпевают многих петербуржцев французского происхождения. В 1828 году здесь отпевали и архитектора Леонтия Бенуа.
