Церковь "Спас-на-водах" была построена в 1911 году на месте впадения Адмиралтейского канала в Неву. Её посвятили морякам, погибшим в русско-японской войне 1904-1905 годов. Так как к тому времени ещё оставались свежими воспоминания о Порт-Артуре, Мукдене, Цусиме, пожертвования на строительство храма шли со всей страны. Комитет по увековечиванию памяти погибших моряков возглавила греческая королева Ольга Константиновна, дочь великого князя Константина Николаевича. Именно она предложила выбрать в качестве прообраза для нового храма церковь Покрова на Нерли.
Автором проекта Спаса-на-водах стал архитектор М. М. Перетяткович. Наружные стены нового храма облицовывались белым старицким камнем, тем самым, которым облицовывались русские древние храмы в XII-XIII веках. Интерьеры Спаса-на-водах облицовывались панелями из тёмно-зелёного и тёмно-красного мрамора. Металлические врата с 28 рельефными изображениями на библейские темы изготовили в Москве. Мозаики для Спаса-на-водах были изготовлены по эскизам В. М. Васнецова и Н. А. Бруни.
По предложению входивших в состав строительного комитета моряков Н. А. Бруни исполнил для храма большую мозаичную картину для алтаря "Спаситель, шествующий по водам". На стенах храма укрепили бронзовые доски с именами 12 000 погибших моряков.
Спас-на-водах просуществовал весьма недолго. В феврале 1924 года он был закрыт, а 8 марта 1932 года по распоряжению С. М. Кирова здание взорвали [2, с. 407].