Участок дома №13 по Невскому проспекту в середине XVIII века был занят временным Зимним дворцом императрицы Елизаветы Петровны.
В 1771 году Екатерина II на освободившемся после разборки временного дворца участке пожелала построить новое здание. Она сама нарисовала предварительный эскиз и передала его архитектору Ю. М. Фельтену. Возможно, новое здание должно было стать подарком к восемнадцатилетию наследнику престола великому князю Павлу Петровичу. Проект предусматривал строительство четырёхэтажного здания с двухъярусной колоннадой на фасаде и скруглёнными углами. Несомненно, что Фельтен создал его принимая во внимание облик только что построенного по соседству (дома Чичерина (№15). Этот проект не был реализован.
Следующая инициатива по застройке участка возникла в 1786 году, когда появился проект о возведении в квартале между Невским проспектом, Кирпичным переулком, Большой и Малой Морскими улицами здания Кабинета Её Императорского Величества. Сюда планировалось перевести всю канцелярию императорского двора. Архитектором был выбран Николай Александрович Львов. Проект предусматривал комплекс зданий, в центре которого размещался круглый корпус с куполом. И этот проект не был реализован.
В 1798 году Павел I отдал этот участок для строительства театра. Проект здания разработал Винченцо Бренна. Выделенные из казны деньги театральной дирекцией были потрачены, а театр здесь так и не построили. После проведённых подготовительных работ остался только котлован. После дождей в котловане набиралась такая большая лужа, что в ней дети из соседних домов катались на лодках.
После разделения пустыря на более мелкие части участок дома №13 в 1802 году выкупил на аукционе херсонский купец 1-й гильдии Абрам Израилевич Перетц. При Перетце здесь был заложен фундамент доходного дома, который Абрам Израилевич собирался подарить своему сыну Григорию. Но после приобретения купцом соседнего участка с домом №15 эта территория была перепродана купцам Степану и Григорию Фёдоровичам Чаплиным.
В 1803-1806 годах для Чаплиных здесь был выстроен новый дом. Автор его проекта неизвестен. Существует предположение, что им был архитектор В. И. Беретти, окончивший Академию художеств в 1804 году.
Сразу после постройки дома №13 Чаплины открыли в нём чайный магазин. К началу 1810-х годов они стали богатейшими чаеторговцами в России. Одновременно Чаплины торговали мехами, добываемых в камчатских и американских колониях. Эта семья владела зданием около 70 лет. Квартиры Степана и Григория Чаплиных располагались рядом с магазином на первом этаже. Помещения на верхних этажах сдавались внаём, как правило за весьма высокую цену.
После окончания войны с Францией дом Чаплиных стал известен как место для карточных игр, где проигрывались солидные суммы. Здесь снимали квартиры многие петербургские игроки. Одним из них с 1817 года был Александр Петрович Завадовский, сослуживец Пушкина и Грибоедова по Коллегии иностранных дел, сын одного из фаворитов Екатерины II. В ноябре 1817 года у него жил А. С. Грибоедов. После дуэли с кавалергардом Шереметевым Завадовский был вынужден уехать из Петербурга. В доме Чаплиных жил также и его брат граф Василий Петрович Завадовский. До 1825 года в доме Чаплиных жил один из внебрачных сыновей А. К. Разумовского действительный статский советник Лев Алексеевич Перовский.
В 1830-х годах у Чаплиных помещения под офисы снимали нотариус М. А. Кабацкий, чьими услугами пользовался А. С. Пушкин; Карл Нистрем - автор "Книги адресов Санкт-Петербурга". Тогда же одним из жителей дома был историк Дмитрий Николаевич Бертыш-Каменский. В 1840-х годах в доме Чаплиных работала книжная лавка Шмицдорфа, музыкальный магазин М. И. Бернара. В этот период дом Чаплиных продолжал пользоваться дурной репутацией как место карточных игр. В 1830-1831 годах здесь останавливался знаменитый игрок Василий Семёнович Огонь-Догановский, которому Александр Сергеевич Пушкин перед своей женитьбой проиграл весьма значительную сумму. Рассчитаться с долгом поэт смог только за счёт распродажи части драгоценностей своей молодой жены. Пушкин неоднократно гостил у Огонь-Догановского, участвовал в карточных играх пытаясь отыграться.
Обитателем квартиры №16 в декабре 1855 года стал литературный и музыкальный критик А. Д. Улыбышев, который привёз в Петербург начинающего музыканта М. А. Балакирева. Спустя некоторое время Балакирев стал одним из самых известных музыкантов столицы. В 1867-1868 годах здесь снимал комнату Модест Петрович Мусоргский. Поселился в доме Чаплиных он со своим братом Филаретом и его семьёй. За это время Мусоргским были написаны "Ерёмушка", "Сиротка", "Колыбельная".
По версии авторов книги "Большая Морская улица" с 1869 года домом №13/9 владела госпожа Анна Христиановна Россман, а в 1890-х годах - её наследницы (дочери), носившие фамилии Маген, Шуберт, Яковлева, Георгандопуло, Коханова [2]. Краевед С. С. Шульц-младший считает, что с 1870-х по 1890-е годы он принадлежал купцу и промышленнику А. Х. Росману, а затем дом был приобретён Марией Фёдоровной Маген совместно с её сёстрами Ольгой Георгандопуло и Анной Кохановой [3, с. 436].
На рубеже XIX-XX веков здесь долгое время работала контора французского общества страхования жизни "Урбен". Фирма владела также домом №17 на Большой Морской улице. Перед революцией её офис находился в доме №65 на Большой Морской. Здесь же размещались магазин часов и хронометров А. Н. Эриксона, контора фирмы "Ф. Мельцер и К", Адмиралтейская аптека, фотоателье С. И. Сурова.
Перед первой мировой войной совладельцем дома №13 стал родственник Ольги Фёдоровны Георгандопуло Александр Александрович Яковлев. Ни Ольга Фёдоровна, ни Александр Александрович здесь не жили, сдавали все помещения в аренду. По версии С. С. Шульца-младшего В 1908 году здесь был открыт книжный магазин М. О. Вольфа [3, с. 436]. Авторы книги "Большая Морская улица" утверждают, что магазин этот работал в доме №13 с 1870-х годов [1, с. 28].
В 1919 году помещения дома Чаплиных занял под книжную торговлю Петрогосиздат. В годы НЭПа здесь работали издательства "Земля и фабрика", "Ленкогиз", книжный магазин Петрогосиздата. В 1947 году он был перепрофилирован под торговлю книгами социалистических стран. Иногда здесь можно было найти труды авторов, считающихся в СССР крамольными: Франца Кафки, Хорхе Луиса Борхеса, Альбера Камю. Несколько раз в магазине оказывались книги Джорджа Оруэла "1984" и "Скотный двор". Иногда о поступлении редкой книги в продажу ленинградцы узнавали заранее и стояли в очереди по несколько суток.
При капитальном ремонте 1980-х годов дому Чаплиных вернули первоначальный облик. В 1988 году здесь поселилась, вернувшись из эмиграции, поэтесса Ирина Владимировна Одоевцева. Она занимала квартиру №48 на втором этаже с окнами на Большую Морскую улицу. Здесь она умерла 14 октября 1990 года. Осенью 1991 года квартиру №48 занял писатель Валерий Георгиевич Попов, ставший в 2003 году председателем Союза писателей Санкт-Петербурга.
В начале 1990-х годов в книжном магазине дома №13 прекратилась торговля книгами социалистических стран. Торговое заведение несколько раз меняло своих хозяев, среди которых был и Дом Военной Книги. С сентября 2001 года традицию книготорговли в доме Чаплиных продолжает магазин "Буквоед" - второй магазин этой торговой сети в Санкт-Петербурге.
