В конце 1890-х годов Санкт-Петербург готовился к 100-летию со дня смерти великого полководца Александра Васильевича Суворова. Было решено переименовать Слоновую улицу в Суворовский проспект. Кроме того, среди планируемых памятных мероприятий было решено запланировать возведение памятника или строительство мемориального музея.
2 марта 1898 года при Главном штабе начала свою деятельность комиссия по сбору средств. Первый коллективный взнос сделал 4-й Финляндский полк. 81-й Апшеронский полк (инициатор увековечивания памяти Суворова) принял решение о ежемесячном отчислении четверти процента от получаемого жалования. Деньги перечисляли не только военные, но и чиновники, профессора, студенты, рабочие. Не имевшие денежных средств крестьяне села Преображенского Семиреченской области в качестве пожертвования преподнесли своё зерно. Главным пожертвователем выступил сам император Николай II.
В октябре было принято окончательное решение в пользу строительство музея. Музей Александра Васильевича Суворова стал первым музеем в России, посвящённым одному единственному человеку. Идея строительства этого здания принадлежит Николаю II. Он же выступил как его хранитель. Таким образом, музей Суворова стал первым в России музеем созданным на народные пожертвования при значительной государственной поддержке.
К юбилею, отмечавшемуся в 1900 году, построить здание не успели. Власти Санкт-Петербурга долго выбирали место для строительства, задерживалось составление проекта. Здание музея Суворова было заложено лишь 8 июня 1901 года. Участок для строительства был выделен на окраине плаца Преображенского полка на углу Кирочной и Таврической улиц.
Архитектором здания музея стал А. И. фон Гоген. Многие из подрядчиков работали бесплатно, таким образом также внеся свой вклад в добровольные пожертвования.
Торжественное открытие и церковное освящение музея Суворова состоялось 13 ноября 1904 года, в день 175-летия со дня рождения полководца. На церемонии присутствовал лично Николай II. Рядом с музеем было установлено деревянное здание церкви А. В. Суворова.
Фасады здания украшены двумя мозаичными картинами, исполненными Н. Е. Масленниковым и М. И. Зощенко (отец писателя М. М. Зощенко). Небольшая ёлка на переднем плане мозаики "Отъезд Суворова из Кончанского в поход 1799 года" набрана девятилетним Михаилом Зощенко.
В 1918 году музей был закрыт, коллекции перевезли вглубь России, церковь разобрали. Снова музей был открыт только в 1951 году, но уже не как мемориальный, а как военно-исторический. В 1991 году ему вернули первоначальный статус. С 1988 по 1998 год велась реставрация здания. 8 мая 1998 года состоялось его новое открытие.