В 1720 году на месте Южного пакгауза (дом №1 по Университетской набережной) было начато строительство дворца Прасковьи Фёдоровны - вдовы царя Ивана Алексеевича, брата Петра I. Спустя пять лет ещё недостроенное здание передали Академии наук [1, с. 606]. Здесь разместились книжная лавка, типография, токарня, мастерские, Географический департамент, рисовальный и гравировальный классы, "Большая зала для конференций". В типографии кроме научных трудов печатали газету "Санкт-Петербургские ведомости". Дворец представлял из себя двухэтажное здание на высоком подвале, оформленное в стиле петровского барокко.
Во второй половине XVIII века здесь в полуподвальном помещении располагалась барометрическая мастерская мастера-оптика И. И. Беляева.
Архитектором Ж. Ф. Тома де Томоном в 1800-х годах был разработан новый план обустройства соседней Биржевой площади, который предусмотрел строительство по обе стороны от здания Биржи двух пакгаузов. Но в реализованный при жизни Тома де Томона ансамбль стрелки Васильевского острова эти два здания не вошли.
Поводом для возведения новых каменных складов стало наводнение 7 ноября 1824 года, принесшее огромный ущерб петербургскому купечеству. Проект пакгаузов был утверждён уже в августе 1825 года. Автором проекта Южного и Северного пакгаузов считается архитектор Таможенного управления И. Ф. Лукини. Вместе с этим, имеются данные о причастности к их разработке К. Росси.
Бывший дворец Прасковьи Фёдоровны снесли. Здания пакгаузов были построены в 1826-1828 годах, внутренние работы продолжались до 1832 года. Корпуса выходящие на Биржевую площадь и набережные были сооружены трёхэтажными, выходящие на Коллежскую площадь - двухэтажными.
В Южном корпусе кроме склада располагался "дом таможенных чинов" и "Экспозиционная зала". В этой зале проводились выставки продукции российских мануфактур. Первая из них состоялась уже 15 мая 1829 года. Посетители могли здесь увидеть 4 000 экспонатов: машины и инструменты, чугунное литьё, оружие, экипажи, посуду, ткани, мебель, часы и ювелирные изделия. В 1833 и 1839 годах в связи с новыми выставками экспозиционные залы расширялись за счёт других помещений. В 1839 году здесь был показан первый русский паровоз "Пермяк".
В 1840-1878 годах в Южном и Северном пакгаузах работала Рисовальная школа. Сюда мог поступить любой желающий, независимо от возраста и образования. Принимали в школу без экзаменов, требовалось лишь внести годовую плату в три рубля. Среди преподавателей Рисовальной школы был И. Н. Крамской. Здесь учились В. И. Суриков, В. В. Верещагин, И. Е. Репин.
В 1895 году в Южный пакгауз был передан Зоологическому музею Академии наук. Для новых целей в течение двух лет здание переоборудовалось по проекту архитектора Р. Р. Марфельда. Музей здесь был открыт в 1901 году. Спустя два года один из путеводителей по Петербургу сообщал:
Марфельдом в 1910-1915 годах Южный пакгауз был надстроен третьим этажом. В конце XIX века во дворе Южного пакгауза был построен корпус для Горного департамента. В 1927 году туда перенесли архив Академии наук. В 1931 году на базе Зоологического музея был организован Зоологический институт АН СССР.
