Здание Двенадцати коллегий расположено на стрелке Васильевского острова, первый проект застройки которого был составлен архитектором Доменико Трезини в 1716 году. Спустя два года им в проект был внесён ряд корректив, одной из которых стало создание с западной стороны стрелки канала и протяжённого здания вдоль него. В нём Трезини запланировал разместить коллегии, которые 12 декабря 1718 года по шведскому образцу были преобразованы Петром I из приказов.
Первоначально коллегий было девять: иностранных дел, военная, адмиралтейств-коллегия (для морских дел), камер-коллегия (ведомство государственных доходов), штатс-контора (ведомство государственных расходов), ревизион-коллегия, берг-коллегия и другие. Позже появилась десятая, а в 1721 году Пётр I учредил Синод. Его решили разместить рядом с коллегиями, равно как и Сенат. Окончательное решение об этом было принято Петром I в 1721 году, о чём в июне архитектор сообщал в Канцелярию городовых дел. 12 августа царь издал указ о начале строительства [3, с. 170].
Размещение одинаковых корпусов в одну линию для Трезини не было чем-то новым. До приезда в Петербург он жил в Копенгагене, где ещё в 1625 году по такому же принципу было построено здание Биржи. Бывал архитектор и в Москве, где тогда так же, в одну линию, располагались корпуса приказов.
Строительство здания Двенадцати коллегий началось в 1722 году. В январе 1723 года Трезини докладывал царю:
...И по моему разсуждению лучше зачинать строить Коллегии три или четыре или сколько Его Величество изволит, и строить вдруг, рядом, а не через места, понеже меньше материалу и кошту станет" [Цит. по 1, с. 136].
Подготовленный Трезини проект в мае 1723 года корректировал Пётр I:
Спустя два месяца последовал новый указ:
Таким образом, при уже начавшемся строительстве, Пётр I устроил конкурс на лучшее здание для Коллегий. Первый архитектурный конкурс в России. В нём участвовали Г. Киавери, Н. Гербель, Н. Микетти, ван Звиттен, Н. Пино, Б. Растрелли и сам Трезини. Итоги конкурса были подведены в январе 1724 года. Доменико Трезини тогда сообщил:
Таким образом, первый этаж здания Двенадцати коллегий строился по проекту Трезини, облик второго и третьего определилось после переработки варианта, предоставленного на конкурс Т. Швертфегером. [4, с. 22]
16 февраля 1724 года Сенат возложил обязанность руководства дальнейшим строительством на архитектора Швертфегера. Но он пытался уклониться от дополнительной нагрузки и 17 апреля заявил:
Проведение архитектурного конкурса спустя два года после начала строительства здания оказалось возможным "благодаря" крайне медленным темпам производимых работ. В 1722 году на участке Военной коллегии уже был подготовлен фундамент, тогда как для Коммерц-коллегии только забивали сваи. Лишь в 1723 году сваи начали бить по всему фронту протяжённого здания. Дабы ускорить работы, Пётр I указом от 14 ноября 1723 года передал стройку из ведения "Канцелярии от строений" самим коллегиям. По предложению Трезини камень, кирпич и известь коллегии должны были покупать в "Канцелярии от строений", а другие материалы заготавливать самостоятельно [4, с. 23]. Предпринятые меры не ускорили строительство. К началу 1725 года были готовы лишь фундаменты, на которых покоились части стен первого этажа. Таким образом, ещё сохранялась возможность воспользоваться итогами проведённого архитектурного конкурса.
Указом Екатерины I от 4 апреля 1726 года постройка вновь была поручена "Канцелярии от строений". На этот раз дела пошли быстрее. Вскоре была завершена кладка стен. В декабре 1727 года установлены стропила, к июню следующего года все корпуса (кроме Синода) уже имели крышу [3, с. 171].
Летом 1732 года в некоторых законченных корпусах начали работать иностранная, юстиц-, коммерц-, берг-, мануфактур- и вотчинная коллегии.
Внутренняя отделка помещений продолжалась ещё десять лет. Они оборудовались каминами и печами, в них проводились столярные, слесарные, малярные работы. От первоначальной отделки до сегодняшнего дня сохранился лишь интерьер Петровского зала. Его скульптурное украшение было создано в 1736 году мастером Игнацио Росси.
Протяжённой линией здания планировалось ограничить формировавшуюся тогда главную площадь города - Коллежскую. Именно из-за участия в ансамбле этой площади здание Двенадцати коллегий не смотрит лицом на Университетскую набережную, а всего лишь выходит на неё торцом. Впрочем, главной она так и не стала, центр города после смерти Петра I был вынесен на Адмиралтейский остров. А в начале XX века площадь перестала существовать вовсе, когда её "уплотнили" зданием Клинического повивального института.
С этой особенностью расположения здания связана одна легенда. Будто бы собираясь однажды уехать из Санкт-Петербурга, Пётр I поручил Меншикову строительство здания Двенадцати коллегий вдоль набережной Невы. Оно должно было стать продолжением Кунсткамеры. В награду Пётр разрешал Меншикову использовать под свою усадьбу всю оставшуюся землю, что останется западнее новой постройки. Меншиков якобы рассудил, что если поставить дом лицом к Неве, то земли ему достанется совсем мало. И решил он поставить здание не вдоль, а перпендикулярно набережной. Вернувшись из поездки, Пётр пришёл в ярость. Таская Меншикова за шиворот вдоль всего здания, он останавливался у каждой Коллегии и бил его своей знаменитой дубинкой.
Здание Двенадцати коллегий построено в типичном для архитектора Трезини стиле, известном как "петровское барокко". Барокко здесь выдаёт "движение" стен (выступающие ризалиты), криволинейный фронтон. Но вместе с тем, здесь ещё нет той пышности, которая будет присуща фирменному стилю Растрелли. Очевидно, Трезини проектировал фасады под влиянием любимого Петром I североевропейского зодчества, где скромность есть одно из достоинств.
Состоит здание из 12 одинаковых частей, каждая часть принадлежала отдельному министерству. Общая длина здания составила 398,99 метра. Длина каждой секции - 32,36 метра, кроме первой (считая от Большой Невы) длиной 39,48 метра [4, c 22]. Каждая часть здания Двенадцати коллегий имеет отдельное крыльцо и зал для заседаний, изначально все они имели свою двухскатную крышу. Первый этаж со стороны Коллежской площади представлял собой открытую галерею. Он предназначался для устройства торговых лавок.
После смерти Доменико Трезини (в 1734 году) за достройкой здания Двенадцати коллегий следил архитектор Михаил Земцов, а с 1736 года - Джузеппе Трезини. Первому из них пришлось устранить ошибку Доменико Трезини, который не учёл особенности петербургского климата. На стыках фигурных крыш скапливалась вода, которая затем заливала помещения. Форму крыш пришлось изменить. В 1734-1741 годах архитекторами на уровне второго этажа были размещены балконы, с западной стороны устроена галерея с нужниками.
Строительство здания Двенадцати коллегий было завершено в 1742 году, когда завершились работы в северном корпусе Синода. Сразу после этого императрицей Елизаветой Петровной было велено переезжать сюда канцеляриям Сената, Синода и Иностранной коллегии.
Если сейчас в окраске стен здания преобладает красный цвет, то изначально они были жёлтыми с белыми архитектурными деталями. Крышу покрасили в красный цвет.
Центр Петербурга на стрелке Васильевского острова так и не сложился. Коллегии постепенно разъехались по другим местам. В 1763 году Сенат перебрался на противоположный берег Невы - во дворец Бестужева-Рюмина. С тех пор находящаяся там площадь называется Сенатской.
При реконструкции стрелки Васильевского острова в 1804 году архитектором Тома де Томоном были предложены меры по созданию симметрии в её композиции. Среди них - пристройка к зданию Двенадцати коллегий нового корпуса с севера и снос центрального корпуса, приходящегося по оси биржи. На его месте архитектор предлагал перекинуть арку. Намечалась и переделка фасадов в духе классицизма. Параллельно с Тома де Томоном над проектом планировки стрелки Васильевского острова работал и архитектор А. Д. Захаров. Для достижения её симметрии он предлагал снести ближайший к Неве корпус, оставив другие без изменений [5, с. 137, 138]. Эти предложения не были реализованы.
В первой четверти XIX века в здании Двенадцати коллегий находились Государственный архив, синодальная типография и синодальная книжная лавка. В 1804 году был организован Педагогический институт, который в феврале 1819 года стал основой для восстановления Петербургского университета. Ему передали четыре корпуса здания Двенадцати коллегий (третий, четвёртый, пятый и шестой), в том числе для квартир преподавателей. Спустя три года университет временно переехал на Кабинетскую улицу (ныне улица Правды).
В 1830 году университету было передано всё здание [4, с. 24]. Новое назначение потребовало переделок, которые были осуществлены в 1834-1838 годах по проекту А. Ф. Щедрина. В центральной части были устроены парадная лестница и парадный белоколонный актовый зал. Именно тогда был создал знаменитый 400-метровый коридор на втором этаже, была застеклена галерея первого этажа.
Наводнение 7 ноября 1824 года нанесло большой ущерб хранимым в подвалах здания Двенадцати коллегий архивным фондам. Здесь хранились документы Приказа тайных дел. Только в 1835 году Сенат распорядился привести их в порядок. Заглянув в подвалы, чиновники обнаружили, что большинство из более чем 2 000 000 дел пришло в полную негодность. Спасти удалось лишь малую часть архива.
До последней трети XIX века с Университетом в здании Двенадцати коллегий продолжал соседствовать Главный педагогический институт.
Среди учеников и преподавателей Петербургского университета были А. М. Бутлеров, И. М. Сеченов, А. С. Попов, П. Ф. Лесгафт, Н. Г. Чернышевский, И. С. Тургенев, Н. А. Некрасов, П. П. Семёнов-Тян-Шанский, А. А. Блок, И. П. Павлов, В. И. Вернадский, К. А. Тимирязев, А. А. Ухтомский, Н. Н. Миклухо-Маклай, А. Ф. Кони и многие другие учёные, литераторы и общественные деятели.
С 1857 года в университете читал курс общей химии Д. И. Менделеев. Здесь же, в служебной квартире на первом этаже, он жил с 1866 года. За время работы в университете Менделеев открыл периодический закон химических элементов, сообщение о котором Дмитрий Иванович сделал 6(18) марта 1869 года в одном из помещений первого этажа. Покинул университет учёный в 1890 году в знак протеста против реакционной политики по отношению к студенчеству [4, с. 91, 92]. В служебной квартире Менделеева с 1911 года расположен мемориальный музей-архив знаменитого учёного. Его именем в 1923 году назвали улицу вдоль здания (Менделеевская линия).
В 1933-1937 годах учебное заведение носило имя наркома просвещения РСФСР А. С. Бубнова, с 1948 по 1992 год - имя первого секретаря обкома ВКП(б) А. А. Жданова.
26 февраля 2007 года перед главным входом в здание Университета был открыт памятник "Универсанту-Гению".
