Иероним Севастьянович Китнер родился 5 июня 1839 года в Санкт-Петербурге. В восемь лет Иеронима отдали в частную школу, затем через два года в приходскую школу святой Анны. В 1853 году юноша поступил в Строительное училище Главного путей сообщения и публичных зданий. Это учебное заведение Иероним Китнер окончил в 1859 году и получил звание помощника архитектора.
Первое место работы Иеронима Китнера - мастерская А. И. Штакеншнейдера, где он трудился на строительстве дворца великого князя Николая Николаевича.
Весной 1861 года на деньги отца Иероним Китнер уехал за границу для продолжения архитектурного образования. Зодчий посетил Финляндию, Австрию, Германию, Англию, Италию, Францию, Испанию. В Париже молодой зодчий стажировался у В. Бальтазара. Из Испании в 1865 году Китнер вернулся в Санкт-Петербург.
В 1867 году Иероним Китнер начал службу у архитектора Высочайшего двора А. И. Резанова. Под его руководством он работал на строительстве дворца великого князя Владимира Александровича (Дворцовая наб. 26).
Первая самостоятельная работа Китнера в Петербурге - здание Сельскохозяйственного музея (Гангутская ул. 1). За этот проект архитектор получил орден святого Владимира третей степени, дающий право на потомственное дворянство. Особенность конструкции здания музея - металлические конструкции перекрытий. Такие же конструкции зодчий применил и при строительстве рынка на Сенной площади. Одновременно с участием в конкурсе на это строительство, Китнер начинал работу над новым зданием Института гражданских инженеров (бывшего Строительного училища).
По проекту Иеронима Китнера построены здание Мирового съезда (Гражданская ул. 26), здание Александровской мужской больницы (15-я линия ВО, 4-6), здание школы лютеранского прихода святой Екатерины (Большой пр. ВО. 55), дом купца Ф. И. Ильсони (Садовая ул. 36), доходный дом А. И. Риглера (наб. кан. Грибоедова, 25), доходный дом Е. П. Кригер (13-я линия ВО, 20), особняк фабриканта К. Б. Зигеля (ул. Марата, 63), Пальмовая оранжерея в Ботаническом саду. Архитектором перестраивались здание Общества поощрения художеств (Большая Морская ул. 38), здание Института инженеров путей сообщения (Московский пр. 11). Китнером был построен также и собственный доходный дом (наб. р. Фонтанки, 165).
Вместе с другом и коллегой В. А. Шретером Китнер строил здания в новом для того времени стиле - "кирпичном". В таком стиле архитекторами был построен комплекс зданий для фабриканта А. И. Ниссена (наб. р. Фонтанки, 183). Также совместными проектами Китнера и Шретера стали доходный дом купца В. Ф. Штрауса (2-я линия ВО, 9), выставочный магазин Беггрова (Невский пр. 4), доходный дом А. И. Резанова (Моховая ул. 28).
С 1866 года Иероним Китнер состоял в кружке зодчих, который позже преобразовался в Санкт-Петербургское общество архитекторов. В 1868 году зодчий поступил на службу в Министерство внутренних дел, где работал в Техническо-строительном комитете. Китнером разрабатывалось строительное законодательство. В 1895 году архитектор стал заведующим комитета, а в 1901 года - председателем.
В 1868 году началась преподавательская деятельность Китнера. В 1895-1902 годах он преподавал также в Институте инженеров путей сообщения. Членом совета этого учебного заведения зодчий оставался до 1916 года.
Находясь на службе в Министерстве путей сообщения, Иероним Китнер был ответственным за экспертизы проектов вокзалов и станционных сооружений. Неоднократно архитектор избирался в гласные Городской думы. Также он являлся одним из создателей Музея старого Петербурга, инициатором издания журнала "Зодчий". В 1902 году архитектора избрали членом-корреспондентом Археологической комиссии при министерстве императорского двора, которая занималась рассмотрением ходатайств на проведение реставрации памятников по всей стране. На этой должности Китнер привлекался в качестве эксперта по церковному строительству. В 1911 году Иероним Китнер был избран почётным членом Академии художеств.
Из-за отсутствия средств к существованию и проблем с новой властью в 1918 году архитектор был вынужден уехать из России. Последние годы своей жизни он жил в Германии. Иероним Севастьянович Китнер умер в 1929 году в Лейпциге, был похоронен в Гейдельберге. Его могила не сохранилась. Китнер стал родоначальником династии архитекторов. По стопам Иеронима Севастьяновича пошли его сыновья Максимилиан и Ричард, а также внук Павел Максимилианович.
