Участок дом №13 на 6-й линии Васильевского острова в 1721 году был отдан стольнику Петра I князю Алексею Ивановичу Троекурову. В 1723-1730 годах здесь для него было построено каменное одноэтажное здание с мезонином. Авторство проекта дома приписывается Доменико Трезини, здание подходит под описание типового дома, проекты которого составлял архитектор.
Стольник Петра I Троекуров переселился сюда со стрелки Васильевского острова, когда там начали вести казённое строительство. Взамен первого участка в столице ему был отдан именно этот.
После смерти Троекурова домом владели его вдова и дочь. Далее он неоднократно перепродавался. В 1808 году здание было выкуплено государством "для жительства вице-губернатора". В середине XIX века здание передали Министерству Финансов, затем снова продали частным владельцам. В 1868 году архитектором Н. А. Мясоедовым были изменены облик фасада (он стал оформленным в стиле эклектики) и планировка помещений. В 1871 году в доме Троекурова разместился Совет детских приютов.
В 1910х годах здесь находился Совет детских приютов Ведомства учреждений Императрицы Марии. После 1917 года дом снова стал жилым. В 1968 году перед международной выставкой "Инрыбпром" дом Троекурова попал в список сносимых. Тем не менее благодаря группе энтузиастов (историк архитектуры И. А. Бартенев, архитектор В. А. Бутми, М. В. Иогансен, преподаватели и студенты Академии художеств) здание было сохранено. Дом реставрировали в 1968-1969 годах, изначально кровля была более крутая, покрытая черепицей.
До недавнего времени это здание носило статус памятника федерального значения. Однако участок земли является крайне привлекательным для бизнеса, федерального статуса дом лишили. На перестройку здания претендовала одна из фирм, которая заявляла о коренной перестройке здания, о сохранении только фасада дома. Фирма даже успела получить разрешение на строительство, но прокуратура обнаружила массу нарушений в этом деле. После долгих разбирательств дом Троекурова всё-же был реконструирован.
