Церковь Илии Пророка и Александра Невского находится в бывшей Ильинской слободе, неподалёку от места соединения речки Лубьи с Охтой.
В 1715 году здесь, на берегу Охты, был основан Охтинский пороховой завод. Вскоре жители пороховой слободы написали прошение в Главную артиллерийскую канцелярию:
Историк Охты Наталья Павловна Столбова в книге "Охта. Старейшая окраина Санкт-Петербурга" пишет, что прошение это было написано уже при существовании деревянной часовни [1, с. 275]. Краевед Александр Юрьевич Краснолуцкий в своей "Охтинской энциклопедии" утверждает, что оная часовня была построена в 1717 году [2, с. 350].
Как бы то ни было, строительство нового храма началось в июне 1721 года. Его освящение состоялось 20 июля 1722 года Во Имя Святого Пророка Илии. Эта церковь располагалась немного ниже современного храма. Её первым настоятелем стал иерей Григорий Михайлов.
Появление на Охте храма во имя святого пророка громовержца, взошедшего на небо на огненной колеснице, вряд ли случайно. На Охтинском пороховом заводе часто случались взрывы, гибли рабочие. За 175 лет существования завода произошло более 90 взрывов.
С Ильинской церковью была связана городская традиция совершения крестного хода от Казанского собора до храма на Пороховых. Связана она с тем, что в засуху 1730 года дожди пошли как-раз после такого крестного хода, что спасло город от пожаров. С 1744 года традиция по повелению императрицы Елизаветы Петровны стала ежегодной, осуществляемой 2 августа в Ильин день. Существовала она до 1769 года, пока во Владимирском соборе не был освящён придел Святого Пророка Илии.
В 1742 году настоятель Ильинской церкви Евтихий Ильин подал в Артиллерийскую канцелярию прошение на выделение денег для строительства нового здания. Старое к тому времени успело обветшать. В связи с этим:
Автором проекта нового храма стал архитектор И. Я. Шумахер.
Новая Ильинская церковь была освящена уже 17 июля следующего года. Её венчал обитый белым железом шпиль. Она была холодной, поэтому в 1760 году к ней пристроили новый предел, уже отапливаемый. Его освятили во имя новоявленного чудотворца Дмитрия Ростовского.
В 1747 году из-за кражи из храма некоторых священных предметов богослужения в нём около полугода не производились [3].
И это церковное здание долго не простояло. Оно было разобрано в 1789 году, через четыре года после освящения третьего здания Ильинской церкви. Старый иконостас был перевезён в Сестрорецк.
Церемония закладки нового каменного храма на нынешнем месте состоялось 18 октября 1781 года. Его освятил 21 декабря 1785 года архиепископ Новгородский и Санкт-Петербургский Гавриил (Петров). Во многих краеведческих статьях об Ильинском храме автором проекта указывается архитектор И. Е. Старов. Но исследования краеведа Натальи Павловны Столбовой доказывают, что им был заведующий пороховым заводом капитан Карл Гакс.
Важно отметить, что первоначально храм состоял только из круглого павильона-ротонды. Он был холодным, поэтому на месте колокольни планировалось построить тёплый каменный храм с одноярусной колокольней. Его возвели вплотную к Ильинской церкви, 23 сентября 1806 года освятили во имя Святого Благоверного Князя Александра Невского, небесного покровителя правящего тогда императора Александра I. Автором проекта этой церкви стал архитектор Ф. И. Демерцов.
Два храма изначально объединять не стали, но из-за тесного соседства Демерцов переделал детали фасада ротонды. В 1841 году их объёмы были объединены, с тех пор это церковь Илии Пророка и Александра Невского. В 1875-1877 годах в храме Александра Невского архитектором Н. В. Лисопадским были устроены хоры, к алтарю Ильинской церкви пристроена апсида. Оформлением интерьеров церкви в разное время занимались И. Поспелов, К. Христенек, И. Фёдоров, В. Оранский.
Ильинская церковь была родной для жителей Пороховых: служащих, рабочих, солдат и офицеров порохового завода. Здесь они крестили детей, венчались, отпевали усопших. У стен храма располагалось кладбище, на котором был похоронен один из начальников Охтинского порохового завода Д. Ф. Кандиба, скончавшийся 1 июня 1831 года. Впоследствии это кладбище переместили за Колтушское шоссе (ныне улицу Коммуны).
В 1901-1902 годах храм был подвергнут перестройке. Изменена форма купола, колокольня выросла на один ярус по проекту архитектора Охтинского порохового завода В. Д. Симонова. При очередном капитальном ремонте интерьеры храма расписали И. К. Фёдоров и В. Я. Оранский. 8 июля 1911 года было произведено малое освящение Ильинской церкви.
Начавшийся при советской власти период безбожия уничтожил практически все храмы в окрестностях Охты. Устояли лишь Ильинская церковь и Никольская церковь на Большеохтинском кладбище. В Ильин день 1918 года здесь провёл свою последнюю литургию настоятель Казанского собора протоиерей Философ Орнатский. В следующую ночь он был арестован со своими сыновьями и расстрелян. В том же году исчез настоятель Ильинской церкви протоиерей Арсений Успенский.
В 1923 году храм получил статус собора. 11 июля 1938 года он был закрыт как "неиспользуемый по назначению" и передан штабу МПВО. Во время Великой Отечественной войны здесь находился морг, позже склад. В 1974 году здесь произошёл сильный пожар, уничтоживший почти все интерьеры.
Храм реставрировался с 1983 года. При этом купол был воссоздан не в первоначальных формах. В сентябре 1988 года он был возвращён верующим, его настоятелем стал протоиерей Александр Будников. Здесь снова стали проводить церковные службы. Переосвящение храма было проведено 2 августа 1989 года митрополитом Ленинградским и Новгородским Алексием. В 1991 году здесь открылась воскресная школа, ещё через четыре года - библиотека из почти 3 000 книг. Для воссозданного храма были переданы иконы из Никольского и Князь-Владимирского соборов.
