В XVIII веке на участке дома №42 по Большой Морской улице располагалось два двора. В начале 1740-х годов здесь по просьбе купцов было выстроено здание для торговых лавок, взамен сгоревшего Мытного двора в 1736 году. В сентябре 1741 года:
В 1740-х годах владельцем торговых лавок числился Иван Родионович Чиркин, представитель одной из крупных купеческих династий. Он владел большими участками земли и кабаками на Васильевском острове. Сын Ивана Чиркина Александр выкупил у коллег отца их доли, ему принадлежало 10 лавок из имеющихся здесь 12. Вдова Александра Чиркина Прасковья Степановна и сын Алексей не сумели правильно распорядиться наследством, в 1785 году были вынуждены заложить здание за 10 000 рублей, а затем продать.
Архитектором дома Чиркиных стал Джузеппе Трезини. Здание было выстроено перпендикулярно улице, длинным фасадом к Исаакиевской площади у Синего моста. Первый этаж торцевых фасадов торговых лавок был выдвинут вперёд, на террасы вели огибающие углы здания лестницы. На чертежах со стороны площади обозначено 11 окон, тогда как по описаниям здесь размещалось 12 лавок.
Несколько позже, к 1770-м годам, между торговыми лавками и участком дома №40 были выстроены трёхэтажные жилые флигели. Их лицевой фасад заменил въездные ворота, через которые ранее можно было попасть во двор. В 1790-х годах, когда этой территорией владели братья Шаровы, она была разделена на две части. Каждая из них имела свой номер по Большой Морской улице. В 1804-1806 годах торговые ряды принадлежали жене коллежского асессора (позже надворного советника) Прасковье Андреевне Лавровой. Жилым домом владела супруга коллежского советника Антона Григорьевича Воеводского Надежда Андреевна. В 1820-х годах здесь работала макаронная фабрика Беста. В 1834 году по завещанию весь участок получил подпоручик Иван Антонович Воеводский.
* * *
До 1760-х годов торговые лавки Чиркиных выходили боковыми фасадами на Большую Морскую улицу и Мойку, а главным длинным фасадом - на Исаакиевскую площадь. В 1762 году часть площади рядом с ними была пожалована генерал-майору Андрею Васильевичу Гудовичу, который через три года продал пустой участок купцу Феофемпту Васильевичу Попову. К 1770-м годам Попов обстроил территорию с трёх сторон флигелями разной высоты. Между двором Попова и торговыми лавками находился Выгрузной переулок. Противоположным фасадом новое здание выходило на красную линию Вознесенского проспекта (Исаакиевскую площадь).
С 1777 года дом Попова стал принадлежать дочери купца Прасковье, вышедшей замуж за выходца из Греции Афанасия Гунаропуло. Но так как фамилия Попов гораздо проще греческой, дом долгое время продолжали называть по фамилии прежнего владельца. В 1806 году в доме Попова поселился Иван Андреевич Крылов, известный в то время как издатель сатирических журналов и драматург. Здесь же обитал ещё один драматург - Александр Александрович Шаховской. В начале 1820-х годов здесь, по окончании Академии художеств, жил начинающий архитектор Андрей Иванович Штакеншнейдер. Тогда же в доме Гунаропуло проживал некий господин Эттер, предлагающий экскурсионные услуги - возможно первый петербургский гид.
В 1820-х годах участок перешёл по наследству сыновьям штабс-капитану Егору, коллежскому асессору Афанасию и чиновнику Феофемпту. К 1831 году владельцем территории числился только статский советник Феопент Афанасьевич Гунаропуло.
Так как рядом с домом Гунаропуло в 1839 году начал строиться Мариинский дворец, его хозяин решил перестроить и своё здание. Проект перестройки датирован 1843 годом. На нём изображён солидный дом в стиле классицизм. Цены на квартиры рядом с великокняжеским особняком должны были значительно вырасти.
* * *
Планам Гунаропуло помешало решение Николая I о расширении Исаакиевской площади и строительстве по сторонам от возводимого Мариинского дворца зданий для Министерства государственных имуществ. Казна выкупила бывший купеческий дом за 99 939 рублей, хотя владелец желал получить за него 300 000. В мае 1844 года за 115 000 рублей был выкуплен соседний участок Воеводского с торговыми лавками и жилыми корпусами. На этом месте по проекту архитектора Н. Е. Ефимова был построен дом для Министерства государственных имуществ.
Николай Ефимович Ефимов не только составил проект здания, но и руководил его возведением. В рапорте начальству он писал, что на нём лежит обязанность "сочинять и составлять все чертежи различных конструкций и украшений, входящих в состав частей отделки, и иметь непосредственный надзор и ответственность за правильность и прочность строения и за чистоту и изящность отделки" [Цит. по: 2, с. 242].
Проект Ефимова был утверждён 10 августа 1844 года. Тогда же была назначена противоположная сторона площади, где Ефимов построил дом №44 - для министра государственных имуществ. Здание министерства было окончено к лету 1853 года.В 1868 году в Лесном департаменте Министерства государственных имуществ старшим помощником столоначальника служил Модест Петрович Мусоргский, сочинявший в это время оперу "Борис Годунов".
С 1894 года занимающая здание организация называлась Министерством земледелия и государственных имуществ.
С 1922 года в доме №42 размещался институт опытной агрономии. Сейчас здесь находится Всероссийский научно-исследовательский институт растениеводства имени академика Н. И. Вавилова. При институте находится коллекция семян и растений, насчитывающая 330 000 образцов. Здесь же находится Санкт-Петербургская научная сельскохозяйственная библиотека. Основана она была вместе с Министерством государственных имуществ, с того времени она выросла из восьми шкафов в более чем миллион единиц хранения. В этой библиотеке хранятся книги на 26 языках, среди них находятся издания XVI-XVIII веков.
17 декабря 2002 года по распоряжения правительству России, подписанному Михаилом Касьяновым, в ведение управления делами президента перешло несколько зданий близ Исаакиевской площади. Среди них оказалось и здание Министерства государственных имуществ. ВНИИ растениеводства оказался под угрозой выселения, несмотря на всю сложность перемещения уникальной коллекции растений, стоимость которой оценивается в 8 000 000 000 (триллионов) долларов.
