Мошков переулок возник на картах Петербурга в 1718 году. Его название связано с фамилией Петра Мошкова, который в начале XVIII века владел на переулке домом №2 (он же №20 по Дворцовой набережной). Современный топоним возник в 1746 году, а официальным он стал в 1798 году.
Так как короткий (220 метров) Мошков переулок пересекает Дворцовую набережную и Миллионную улицу, здесь жили богатые и известные люди. Домом №2 в 1840-х годах владели наследники А. А. Орловой-Чесменской, а затем семья Нарышкиных. Дом №4 в середине XIX века принадлежал княгине Н. С. Голицыной. После постройки Ново-Михайловского дворца он стал его запасным домом.
В 1776-1809 годах в состав Мошкова входил Конюшенный переулок.
В доме №6 в 1915 году снимал квартиру член Государственного совета и обер-прокурор Синода Александр Дмитриевич Самарин.
15 декабря 1952 года исполком Ленсовета принял решение присвоить переулку новое имя - Запорожский. Так было решено увековечить освобождение города Запорожья от немецко-фашистских захватчиков в октябре 1943 года. Но так как это событие никак с переулком связано не было, 22 сентября 1989 года он вновь стал называться Мошковым.
