Невские ворота Петропавловской крепости являются единственным выходом из цитадели к Неве. Этот выход появился уже у первой дерево-земляной крепости в виде деревянных прямоугольных ворот с примыкающей к ним пристанью.
30 августа 1723 года во время празднования третьей годовщины Ништадтского мира через Невские ворота в Петропавловскую крепость торжественно перенесли "Дедушку русского флота" - ботик Петра I. Тогда же был издан указ о ежегодной процедуре вывода ботика на Неву. Это повторилось в 1724 году, а затем только в 1744 и 1746 годах.
В начале 1720-х годов деревянные Невские ворота по проекту Доменико Трезини были заменены каменными. После второго торжественного выноса ботика их было решено обновить. В начале 1730-х годов им был придан вид, который с внутренней стороны крепостной стены сохранился до наших дней. В тоже время причал был перестроен в арочную пристань с тремя спусками к воде.
В 1747-1748 годах предположительно по проекту Б. Х. Миниха Невские ворота со стороны реки оформили в виде портика с несущими антаблемент сдвоенными пилястрами. В 1762-1767 годах архитектором Д. Смоляниновым и инженером Н. Муравьёвым был составлен проект гранитной пристани со сводами. Его реализация началась только при облицовке стен Петропавловской крепости гранитом.
В 1780 году архитектору Н. А. Львову было предложено составить проект новых каменных Невских ворот. В 1784-1787 годах этот проект был реализован. Невские ворота архитектором были вписаны в своеобразный квадрат. Их высота составила 12 метра, а ширина - 12,2 метра. Все архитектурные детали были исполнены из шлифованного сердобольского гранита. Учитывая высоту пристани, Львов приподнял Невские ворота почти на метр. Изображение якоря на фронтоне, декоративные бомбы с языками огня на краях фронтона дали Невским воротам значение как триумфального памятника в честь побед российского флота.
На северном фасаде появились вензель Екатерины II и дата "1787", указывающая на год постройки памятника.
В 1840 году во фризе портика с северной стороны укрепили надпись "Невские ворота 1787". В 1860-х годах пристань Невских ворот стали называть Комендантской. Именно от неё комендант Петропавловской крепости уплывал на катере по своим делам. Отсюда же узников, приговорённых к смерти, выводили из крепости и отвозили по Неве к месту казни.
Под аркой Невских ворот находится участок, показывающий естественный уровень Заячего острова. Над ним укреплена доска с отметками самых крупных петербургских наводнений: 1752, 1777, 1788, 1824, 1924 и 1975 годов.
В 1952-1953 годах Невские ворота были отреставрированы. В 1998-1999 годах северному фасаду вернули вид, который он имел в середине XVIII века.
