В парке, где сейчас находится церковь Успения Пресвятой Богородицы на Малой Охте, до 1930-х годов находилась церковь равноапостольной Марии Магдалины. Рядом с храмом существовало кладбище.
В годы блокады Ленинграда это кладбище стало местом массовых захоронений умерших жителей района. Узнать имена здесь покоящихся не представляется возможным. Но в их память было решено построить храм. До этого момента в Санкт-Петербурге не было храмов, посвящённым блокаде.
Церковь Успения Пресвятой Богородицы построена только на пожертвования. Её стены сложены из кирпичей, на которых написаны имена тех, кто жертвовал на их покупку деньги. Строительство велось с 28 августа 1996 года (дата закладки здания) по проекту архитекторов А. И. Романовского и Ю. П. Груздева. Для сбора средств и молитв рядом со строительной площадкой была сооружена временная деревянная часовня, освящённая 3 января 1997 года. 28 августа 1999 года на куполе церкви был установлен крест.
Освящение храма состоялось в день 60-летия начала блокады 8 сентября 2001 года. Благодаря такому смысловому значению церковь называют "Блокадным храмом", храмом памяти Ленинградской блокады. Церковь стала самым крупным храмом, построенным в Санкт-Петербурге в конце ХХ века.
В начале 2003 года временная часовня была перенесена ближе к храму и частично перестроена. 22 июня в церковном саду был открыт памятник - Ангел с крестом на камне. Этот памятник посвящён погибшим на Кавказе воинам.
11 августа 2004 года погиб настоятель храма отец Виктор Ерошенко. Он поднимался на строительные леса чтобы осмотреть икону Богородицы на фасаде церкви. В это время в Санкт-Петербурге была сильная буря, из-за сильного ветра плохо закреплённые леса рухнули. Отца Виктора похоронили рядом с церковью.
Церковь Успения Пресвятой Богородицы на Малой Охте открыта ежедневно с 9:00 до 19:00.
