Новобиржевой Гостиный двор входит в единую архитектурную композицию cтрелки Васильевского острова. Его построили в первые годы XIX века по проекту архитектора Д. Кваренги, на участке рядом со Старым Гостиным двором.
Здание Новобиржевого Гостиного двора построено по достаточно типовому для того времени принципу. Оно представляет из себя четырёхугольник в плане, изначально имело два этажа с рядом отдельных одинаковых по площади помещений. Со стороны двора находилась открытая галерея на уровне второго этажа, снаружи - обходная галерею на первом.
До начала XX века здание использовалось как склад. Затем здесь находились склады товаров артели Козухина и контора Гленовой артели.
После 1917 года здесь находились склады городской милиции. В 1930-х годах здание было решено передать Ломоносовскому институту геохимии, минералогии и кристаллографии Академии наук. В 1932 году был составлен проект перестройки архитекторами Я. Я. Кетчером и К. И. Кашиным. Но институт переехал в Москву, к 1939 году проект был переработан для нужд Ленинградского университета.
В 1939-1940-х годах Новобиржевой Гостиный двор был надстроен третьим этажом. Верхний ярус дворовой аркады был разобран, полностью переработаны интерьеры. С восточной стороны в здании организовали вестибюль, над ним - лекторий на 400 мест. С тех пор здание занимают исторический и философский факультеты Санкт-Петербургского государственного университета. Кроме них в 1930-х годах здесь работал географический факультет, в 1960 - экономический. В Новобиржевом Гостином дворе также находятся геолого-почвенный факультет, поликлиника, военная кафедра университета.