Церковь Богоявления Господня находится на Гутуевском острове, где до её появления вообще не было храмов. В 1888 году жители острова решили возвести деревянный храм, для чего был составлен проект. Но в эти планы вмешался богатый купец 1-й гильдии Иван Агапович Воронин, который пожертвовал на новый храм огромную сумму денег. Его пожеланием к нему стало устройство семейной усыпальницы. Это позволило сразу начать строительство каменной церкви.
Новый проект Богоявленской церкви всего за один месяц составили архитектор В. А. Косяков и его помощник Бронислав Правдзик.
Главный придел храма на Гутуевском острове освящён во имя спасения цесаревича Николая. В 1891 году великий князь Николай Александрович пострадал от нападения в японском городе Отсу. Удар по голове саблей пришёлся на лоб, на котором остался шрам. Второй удар успел отразить греческий принц Георгий, Николай остался жив.
Несколько позже в Гутуевской церкви были освящены приделы Святителя Николая Чудотворца и преподобного Иоанна Постника. Иван Воронин считал последнего своим покровителем.
Храм вмещает в себя более 1 000 человек. Царские врата были сделаны из позолоченной бронзы, изготовленный московской фирмой Кузнецова иконостас - из мрамора. Этот иконостас удостоился золотой медали в Париже. Все стены покрывала роспись.
После революционных событий 1917 года здание использовали как овощехранилище, мыловаренный завод, склад универмага "Фрунзенский", автопарк. Внутреннее убранство церкви Богоявления Господня было уничтожено во время пожара в годы Великой Отечественной войны. В здание попал снаряд, значительно повредивший его стены.
Восстановление церкви Богоявления Господня на Гутуевском острове началось в 1990-е годы.
