Дом №39 на 8-й линии Васильевского острова построен в 1830 году. К середине XIX века двор был застроен двухэтажными флигелями.
В 1851 году владельцем дома стал Андрей Парфёнович Заболоцкий-Десятовский, известный государственный деятель, учёный и писатель того времени. Здесь же он скончался 24 декабря 1881 года. С 1861 года в доме №8 поселился зять Заболоцкого-Десятовского - учёный-географ Пётр Петрович Семёнов (с 1906 года получил фамилию Семёнов-Тян-Шанский). Хозяйкой дома являлась его жена Елизавета. По её заказу архитектором А. Н. Иосса в 1898 году строился новый двухэтажный дворовой флигель, уже существующие были надстроены третьим этажом. Семёновы жили в лицевом корпусе. На втором этаже располагались кабинет, большая и малая гостиные. Позже семья стала занимать весь второй этаж, а также две комнаты на третьем этаже. Пётр Петрович Семёнов-Тян-Шанский умер в этом доме в 1914 году.
С осени 1855 года здесь со своими родителями жил будущий великий русский композитор Пётр Ильич Чайковский. В это время он являлся студентом Училища правоведения. Здесь был написан романс "Мой гений, мой ангел, мой друг". Осенью 1858 года отец Петра был назначен директором Технологического института и семья Чайковских переехала на новую казённую квартиру.
В одном из дворовых флигелей в 1860-1863 годах жил художник И. Н. Крамской. Точное местоположение квартиры не известно.
В 1930-х годах квартира Семёновых-Тян-Шанских была разделена на две: №2 и №5. После капитального ремонта здания в 1964-1965 годах квартира №5 была вновь поделена. Квартира №2 сохранила свою планировку.
