В конце XIX века территорией, где находится площадь Балтийских Юнг, владел кандидат коммерческих наук Г. Л. Шалите. Земля здесь была низменной, от того постоянно страдала от наводнений. Для защиты от водной стихии территорию поднимали - здесь была организована свалка строительного мусора. К началу ХХ века восточная часть острова Голодай принадлежала итальянскому предпринимателю Р. Гуалино и почётному гражданину А. А. Бродскому.
Эта местность стала включаться в городскую застройку в начале ХХ столетия. Здесь планировалось строительство нового современного района Петербурга. В 1912-1914 годах архитекторами И. А. Фоминым и Ф. И. Лидвалем был составлен соответствующий проект. Будущая площадь Балтийских Юнг должна была стать композиционным центром района, в проекте её называли Большой площадью. От неё зодчие задумывали проложить расходящиеся веером три магистрали. Из них впоследствии были проложены две: продолжение Железноводской улицы и переулок Каховского.
Перед началом строительных работ остров Голодай поднимали путём намывки песка со дна Малой Невы. В 1912 году по проекту И. А. Фомина был построен дом №2 (по переулку Каховского) - одно из планируемых зданий на окружности площади. По проекту Ф. И. Лидваля были построены здания у въезда на площадь - дома №19/7 и 34/5. В 1915 году району было дано официальное название - "Новый Петербург". Однако это имя не прижилось.
Строительство "Нового Петербурга" широко освещалось в газетах. А. Н. Толстой в повести "Василий Сучков" так описал эти события:
В 1960-х годах в южной части площади построено производственное здание (дом №36). В северной части в 1982 году по проекту архитектора П. М. Харитонова возведено здание Морской школы №1 ОСТО. 27 февраля 1989 года по предложению Совета ветеранов юнг Балтийского флота площадь получила имя Балтийских Юнг. В 1999 году здесь был установлен памятник юнгам Балтики (скульптор Л. Ю. Эдвин).
