Александр Иванович фон Гоген родился 12 августа 1856 года в Архангельске в небогатой дворянской семье. В 1875 году после окончания архангельской гимназии Александр поступил в Академию художеств. Из-за нехватки средств к существованию молодому человеку сразу же пришлось начать практическую деятельность. В 1877-1883 годах он работал помощником у архитекторов П. Ю. Сюзора, А. Ф. Красовского, И. С. Богомолова. Позже фон Гоген называл себя последователем Богомолова, мастера "русского стиля". По окончании Академии художеств в 1883 году Александр фон Гоген поступил на службу на Сестрорецкий оружейный завод в качестве архитектора.
Идеи "русского стиля" Александра Ивановича фон Гогена наиболее ярко выразились в церковном строительстве. В 1893-1989 годах им была построена церковь Божией матери Всех Скорбящих Радости, от которой до сегодня сохранилась лишь часовня (пр. Обуховской Обороны, 24). В том же стиле было построено здание Офицерского собрания (Литейный пр. 20), эскиз которого принадлежит фон Гогену. По проекту зодчего в 1901-1904 годах построено здание Музея А. В. Суворова (Кирочная ул. 43).
Примером традиционной архитектуры в творчестве Александра фон Гогена служит здание Николаевской академии Генерального штаба (Суворовский пр. 32).
Фон Гоген активно занимался частным строительством. Им были построены особняк княгини Н. К. Вадбольской (9-я линия ВО, 10), особняк Ф. Г. Козлянинова (ул. Писарева, 12), особняк К. А. Варгунина (Фурштатская ул. 52). Самая известная постройка архитектора - особняк балерины М. Ф. Кшесинской (Кронверкский пр. 1-3), построенный им в стиле модерн. Сам Александр Иванович жил в им же построенном доходном доме И. А. Жевержева (ул. Рубинштейна, 18). Также зодчим построен доходный дом Козляниновых (ул. Писарева, 10).
По проекту фон Гогена создан памятник миноносцу "Стерегущий".
С 1890 года Александр Иванович фон Гоген вёл преподавательскую и общественную деятельность. Он преподавал в Центральном училище технического рисования барона Штиглица, Николаевской инженерной академии, Институте гражданских инженеров. В 1895 году зодчий стал академиком архитектуры. В 1893-1908 годах фон Гоген являлся архитектором двора великого князя Владимира Александровича, а с 1903 года - архитектором Высочайшего двора. Фон Гоген входил в совет редакции журнала "Зодчий", был инициатором создания Общества архитекторов-художников.
Активная деятельность сказалась на здоровье зодчего. 6 марта 1914 года тяжело болевший Александр Иванович фон Гоген застрелился в своей квартире (Невский пр. 136). Архитектора похоронили на Смоленском кладбище. Надгробие на его могиле было уничтожено в 1935 году.
