С начала регулярной застройки Васильевского острова в 1720-х годах параллельно набережным Невы были проложены узкие 6-метровые (трёхсаженные) проезды. Дома на набережных, как правило, не имели ворот, потому подъезжали к участкам именно по этим проездам. Одним из таких проездов был и Академический переулок.
В 1760-х годах после возведения здания Академии художеств переулок стал укорочен, он стал начинаться не от 3-й, а от 5-й линии. Первоначально дома здесь строились из дерева, с середины XVIII века на переулке стали строиться каменные здания. Они имели один или два этажа, так как строительные правила запрещали строить дома выше, нежели чем ширина улицы на которых они расположены. Лишь угловые дома, выходящие на линии, могли иметь пять или шесть этажей.
Известно, что дом №2/2 построен во второй половине XVIII века, это дворовой корпус дома №19 по Университетской набережной.
Благодаря соседству с Академией художеств и жилым домом академии с 1821 года переулок стал называться Академическим [2].
На участке дома №3 на месте старых деревянных строений было построено каменное двухэтажное здание в 1810 годах. Здесь располагались небольшие торговые заведения. В 1815-1816 годах построены каменные ворота на участке дома №16. В 1840-м годах перестраивался дом №9/3. В 1863 году по проекту Н. Н. Ковригина был построен дом №18. В 1874 году возведён дом №7/4. В 1871 году - дом №4 (дворовой корпус дома №21 по Университетской набережной). В 1870-х годах перестраивался дом №10/3, а в 1880 году по проекту П. Ю. Сюзора дом №4 был надстроен четвёртым этажом. В 1902 году существующий ныне облик после перестройки по проекту А. М. Воробьёва принял дом №5/5. В начале XX века перестраивался дом №8, на месте деревянных хозяйственных построен дома №6 был разбит сад.
В жилом доме Академии художеств (дом №1/4) в разное время жили живописцы В. М. Васнецов, В. М. Максимов, И. Е. Репин, В. И. Суриков, К. А. Савицкий, скульпторы М. М. Антокольский, И. Я. Гинзбург и другие деятели искусств.
В 1960-х годах на месте дома №3 было построено здание детского сада.
